求助gmx轨迹消除平动和转动的影响

CruiseBend

各位老师好！

我是进行生物体系模拟的（蛋白质，生物膜等等）。看很多帖子会在模拟后使用-fit rot+trans消除平动转动（蛋白align)。我想问下这会对1)几何分析：距离，角度2）相互作用能分析3）运动分析：PCA4）膜性质分析-如扩散系数，order parameter等产生影响吗？谢谢

PS: 我在mdp里面已经设置了comm_mode = linear

另外，为什么消除平动转动后，vmd中的轨迹看上去和没有消除的差距有些大。

sobereva

一般不会。但也看你具体用什么工具分析的，所用工具能否恰当考虑周期性
不清楚的话就实际对比一下处理前后的差异
不说具体是什么差距，图都没有，没法回答你。既可能操作问题，也可能纯粹只是理解上的问题。