本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-23 10:23 编辑
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本次附件（附件内容与下文一致）：
2015.11.02 19:42:11
Q:
[Image]这种坐标和[Image]这种坐标的区别是什么呀嘻嘻[Emoticon]
A:
gview保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法
http://sobereva.com/292
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2015.11.02 20:04:05
Q:
[图片]对于从散点图来分析相互作用类型，能否有一个比较可靠的参数范围呢？比如：-0.01~+0.01为vdW；-0.01~**为H-bond ?@sobereva @Elaine
那么你这个图上的也是根据不同体系自我判定的么
其实数值到达了-0.020只要能自圆其说，说他是vdW也不是不可以的对么
A:
没有
本来就是一个程度的问题
结合化学直觉
色散不会那么强
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2015.11.02 21:12:42
Q:
电子能 是不是 等于单点能？
A:
y
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2015.11.02 21:40:28
Q:
sob老师，我又看了一遍书，觉得在您那个解释的提示下又看懂了不少。也就是说现在的激发态计算普遍采用的是adapted的波函数是吧？跟您确认一下，免得能量差再写错了.....麻烦您了~ @Sobereva
A:
y
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2015.11.02 21:53:07
Q:
请问一下分子模拟和我们高斯是什么关系
高斯是属于既可以进行热力学计算又可以做动力学计算？
分子模拟是算什么？
@Sobereva 老师是失望我问的问题很low吗/衰
@Sobereva 老师是失望我问的问题很low吗[表情]
A:
失望了
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2015.11.02 21:56:31
Q:
[图片]@Sobereva 老师，我们这Ｍｕｌｔｉｗｆｎ可以做这种确定质子化位置的图形吗
A:
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
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2015.11.02 21:58:59
Q:
From Homenuclear Metal String Complexes to Heteronuclear Metal String Complexes. 文献求助 谢谢拜托哦
A:
求文献要给链接，而且不得短时间内发两遍
好在这个不是sci-hub能下的，不然...
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2015.11.03 00:52:04
Q:
@Sobereva sob老师，我在看您写的sobMECP小程序的说明，里面有这句，“系间窜越(Intersystem crossing)是重要的光化学过程，是指电子激发后，由于不同自旋多重度的态的势能面之间存在交叉，导致体系经历这样的结构时以非辐射方式改变自旋多重度。”我算的反应路径中，这两个中间体结构分别是三重态5t和单重态5s，结构非常相似，只是键长有所差别，那5s和5t是不是可以相互转化？或者说5s会转成5t再继续下面的反应？[Image]
如果可以用sobMECP算出来，就是可以转化是吗？
5s往后反应的势垒是8.6kcal/mol，交叉点的正要计算呢。‘不高’是说5s和5t的交叉点也应该在8.6之下，离8.6不远的意思？
老师，我有点迷糊，我算的是中间体的平衡结构想看能否单三转化，不是算过渡态结构，它还能自动给算出来过渡态吗？
哦···等下我画个图您看对吗
[Image]红色单重态，黑色三重态，是不是这个蓝色的，就是能量交叉，所得的新势垒？
[emoji]
[图片]这样呢？
蓝色应该是在红黑之间
A:
probably
看看交叉点和5s势垒，如果不高有可能
得比它低，要不然5s就直接反应过去了
显然不是。
这种情况跑到三重态势能面上势垒反倒更高，才不会走这条路
你还是先看看这篇吧Acc. Chem. Res. 2000, 33, 139-145
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2015.11.03 09:24:31
Q:
[图片]老师，您有介绍波尔兹曼的分布在思想家公社上，那么我想问您的这个方法，选取的能量应该是依据什么呢？是[图片]，然后把它换算成千卡每摩尔的单位，还是
[图片]直接选取这个能量呢？老师，请您指导我一下吧
A:
@Nicole 最粗糙的做法就是取-1178.98215那个自由能
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2015.11.03 10:07:03
Q:
之前有看到这句话，Mulliken被支持最广泛，计算极快，无弥散函数时结果通常合理，不适合强离子性体系，有文章用mulliken来讨论亲核取代吗？
A:
最好用Hirshfeld
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2015.11.03 10:11:33
Q:
各位老师，请问Gamess运行出现这种错误应该怎么解决，谢谢@Sobereva [图片]
[图片]@Sobereva
A:
肯定格式不对
没看输入文件没法判断
你贴的图和你这个文件不一样啊
你用Cs时下面得空一样。C1的时候不用空行
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2015.11.03 10:20:26
Q:
请问下使用Multiwfn 能不能把轨道能量以电子伏特的方式计算打印出来
A:
主功能0，左上角选show all
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2015.11.03 10:27:06
Q:
分析金属配位键 中电子给体 给电子的强弱
用什么方法分析比较好？ NBO 电荷，感觉 收到其他因素影响
C- 作为电子给体， 看C 上的电荷，一个是-0.318 一个是-0.310 这个差异明显吗？
C- 作为电子给体， 看C 上的电荷，一个是-0.318 一个是-0.310 这个差异明显吗？
一个是-0.318 一个是-0.31
差异明显吗？
A:
@perl高手 原子电荷可以，也尝试Hirshfeld电荷
2015-11-03 10:27:38
[Image] 删除群动态10:27:38
别光看NPA电荷
差异小的时候也有可能判断不准，多考察几种原子电荷
也可以单独计算配体，考察碳的condensed局部软度
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2015.11.03 11:06:01
Q:
同样的结构用PBE0和B3LYP 算出的旋光率数值相反，这种情况对吗
一个正、一个负？
2015-11-03 11:02:22
[Image] 删除群动态11:02:22
一个正、一个负？
是的，可能吗？
大小也不同
A:
这两个泛函的结果一般不会有这么大差别
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2015.11.03 11:09:48
Q:
[图片]求教一个文献里面的这种写法，B3LYP后面的Lanl2dz是对所有的元素的描叙都是这个吗？（体系里面还含有Si，W,O）,+d（Si）是对Si再次增加其极化函数吗？
我对比很多其他的，人家一般都是对Si和O使用6-311G*，对W再用Lan2DZ，用的是混合基组，老师，在遇见这些不同基组对元素描述的时候，我们怎么去把握是否合适，有相关的帖子一阅吗？
说到这我突然想起一件事情来，之前请教过老师一个聚阴离子在弥散的问题，我在这个的输入文件当中，如果使用混合基组的输入，自然写成Si O 6-31+G(d），W lan2dz,我们之前所说的加弥散基组，也就只是对我的Si和O加了，而W的话没有，这是否对于之前我们所说的对体系加弥散基组相悖呢？
A:
y
lanl2dz裸着给Si用太差
Si和O用6-31G*就够了
如果提升一级，Si和O用6-311G*，W用Lanl2TZ
只给带明显负电荷的原子加弥散就够了
W、Si根本没必要加
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2015.11.03 12:40:57
Q:
@sob老师，KissTheIP软件能计算“均裂反应”的反应速率吗？它没有TS，用生成物的out文件输入时提示不是TS文件。
A:
没TS的没法用
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2015.11.03 12:52:44
Q:
各位好！大家觉得Intel E5 v2系列服务器和Intel E5 v3系列的服务器性能差别大吗？
A:
同频性能不会有多大区别，除非程序专门对AVX2指令集做了优化
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2015.11.03 14:06:37
Q:
请问sob 使用kisthelp计算bimolecular反应速率常数时 反应物是使用两个分子结构 还是complex的结构
A:
两个分子结构
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2015.11.03 16:41:21
Q:
[图片]sob老师，这个基函数数量对不上，怎么解决好呢？
好的 老师 我这就改
老师，我计算的体系中金属原子也是用赝势，只用S用了弥散函数；那我只改S的基组有效么？
[图片]
[图片]输入文件这样设置合理么？
[图片]是这样加极化函数么，老师
A:
甭用弥散函数
所有计算都加上5d 7f关键词
@PWSCF-katrina 不对
5d,7f是写#后面的
#P BP86/genecp 5d 7f
其它的不变
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2015.11.03 16:45:06
Q:
按照Multiwfn手册，我做了pop=nboread 单点，想做ADNDP分析，可是输入log文件之后，选择14，看到显示 Note: Contributions from core NAOs to density matrix have been eliminated
Note: Default exhaustive search list is the entire system
请高手们，指点一下。
$nbo bndidx $end
@perl高手 我用这个关键词了
如何解决呢？@perl高手
pop=(nboread,savenbo) 和pop=nbo 有什么区别
A:
@15137596 很正常啊，默认把内核NAO轨道的贡献扣除掉
又看到上面一些人各种大字号/爆筋
nboread从输入文件末尾额外读取$NBO里的关键词
savenbo把NBO保存到chk里
这里都有讨论
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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2015.11.03 16:45:06
Q:
请教下@Sobereva老师或者其他高手，用multiwfn做CDA，分析轨道相互作用的时候，分片段的时候，输入片段路径之后，multiwfn程序老是自动关闭退出，怎么解决？谢谢
A:
@哈恩 输入文件有毛病，严格按照手册的说明准备输入文件
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2015.11.03 16:45:06
Q:
[图片]请教：在高斯里面计算如图列举出来的spin（Atomic Spin Densities）该怎么看呢？
A:
@Radioactive 这叫自旋布居数不叫自旋密度，这里专门说了
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
Multiwfn里能以各种方法及算自旋布居数，看手册4.A.2节
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2015.11.03 16:45:25
Q:
6d相比5d会快一些吗？
之前看书说用6d是因为x^2-y^2, z^2-3r^2 不如 x^2, y^2, z^2好算，如果6d耗时长，Gaussian为何还用它？
A:
6d必然比5d要慢，毕竟基函数少了，但是差异不大
看这个
谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识
http://sobereva.com/51
6d和5d计算的积分量是一样的，但是6d对每个d壳层的基函数多1，所以构建fock矩阵的耗时会多一点，但不是重点。
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2015.11.03 16:47:51
Q:
@Sobereva 我怎样才能对这个体系做ADNDP呢？老师
A:
照常做啊，什么错误都没提示啊
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2015.11.03 17:24:48
Q:
请问一下，Multiwfn可不可做odd electrom densities?
我给您一篇文献吧
稍等
那老师能不能帮忙改下啊，我不懂这些
都需要的@Sobereva
老师，是这样的，我给您的第二篇文献里有一个Fig3，我是想像那个图一样，算一下y0,y1还有整体的密度空间分布@Sobereva
老师，我刚刚看了一下wfn，没明白在哪里怎么调？您能详细的说说嘛？@Sobereva
A:
怎么定义的？
@狂奔的蜗牛 稍微改下代码就能算
@狂奔的蜗牛 你是只需要算单个轨道的odd electron density，还是要算总的？
单个轨道的话，在后HF级别下产生自然轨道的wfn文件，载入Multiwfn，主功能6选项26改一下占据数，直接照常做电子密度图就可以
其实通过Multiwfn里调轨道占据数都能直接算
@狂奔的蜗牛 载入wfn文件，进主功能6，用选项3可以看当前轨道占据数，用选项26可以自己调占据数
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2015.11.03 17:27:38
Q:
请问用赝势算金属的核磁能准吗
老师，我计算的体系中金属原子也是用赝势，只用S用了弥散函数；那我只改S的基组有效么？
[Image]
[Image]输入文件这样设置合理么？
那我想算金属原子的isotropic hyperfine coupling，不是要从NMR中得到吗？如果不能用赝势，拿什么基组算呢
VTZ可以吗
我想算Sc Y Lu Ga的核磁，有没有一种基组对这几种金属全部使用呢
不是每一个基组都能包含镧系和锕系的，我要做对照计算，所以需要一个基组能包含我要算的所有金属原子
请问老师，有没有有个确定的基组可以符合要求，谢谢
谢谢老师
这个基组要用HF是吧
用B3LYP可以吗
这个计算的时候要加上int=dkh2吗
A:
用赝势的原子不可能算它的核磁
全电子基组，考虑相对论
VTZ根本不是一个定义确切的基组，可以指代很多不同基组
常见的全电子基组这里开头都简要说了
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
UGBS
ANO-RCC
文中都写了啊
什么理论方法都行
加
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2015.11.02 09:07:22
Q:
求助：multiwfn中如何把fch文件删去其他MO，只留下某一特定的MO。比如要保存为MO10.wfn,MO10为空轨道
A:
fch总是记录全部轨道，不可能删
如果你想产生出wfn文件，并且只保留一个轨道，进主功能6选项26，先把所有轨道占据数清零，然后再把那个轨道占据数设成非零值比如2，然后保存wfn文件，就只剩下那条轨道了
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2015.11.02 09:24:07
Q:
@Sobereva 老师，我刚接触NBO 计算，pop=nboread 我得到了chk 文件和out文件。 但是我在out 文件里无法检索到NBO的信息
这是怎么回事
nboread 可以算出，但是我将关键词改为nbosave， 就无法计算了
A:
不要乱用关键词
根本就没nbosave
NBO轨道存到chki是savenbo
pop=nbo就完了
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2015.11.02 09:24:56
Q:
请教sob老师，在进行opt+freq之后，查看体系的偶极矩时，出现了好几个[图片][图片]，该选择读取哪一个偶极矩的数值？
A:
最后的
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2015.11.02 09:26:53
Q:
恩，好的，谢谢sob老师，开始输出的哪一个是初始结构没有优化时的偶极矩吗？
A:
仔细从头到尾读输出文件自然就明白了
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2015.11.02 09:44:21
Q:
sob，你说的NRT分析来判断共振式的稳定性，请问能说得详细一点吗？NRT表示？多谢
A:
看了这些自然就明白了
NBO分析资料汇总
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
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2015.11.02 10:03:34
Q:
求助：multiwfn中，MO45.cub与MO46.cub两轨道密度差图的具体操作
A:
手册4.13.2节例1就是，多看手册
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2015.11.02 10:04:17
Q:
大牛们，早上好，请问有人用vasp算载流子迁移率之类的电学性质的吗？
@Sobereva 老师，在计算一个聚阴离子的时候我之前在讲义上看说是要加弥散基组，如果不加对对那些结构有所影响呢？（我清楚的看出了总能有微小的差别）
大牛们，早上好，请问有人用vasp算载流子迁移率之类的电学性质的吗？
那么对电子性质的分析差别大吗？不加弥散的话
我算的是一个多酸，我就是准备用Multiwfn手册的4.8章节讲的分子轨道成分的分析，里面的4.81讲的是用Mulliken分析，说不能加弥散才行
A:
对结构影响不显著
可能大，看具体问题
只需要的得到原子的贡献的话用Hirshfeld或becke别用mulliken
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2015.11.02 10:07:02
Q:
老师，我有一个过渡态的结构，只有MaxForce不收敛，其他都收敛，然后就中断了，想请教老师的就是，我是否需要加入Conv=，以降低收敛标准呢？先在此谢过老师！[Emoticon]
最后结构变化不大
A:
看最后几步结构变化还大不大
肉眼都看不出显著结构变化的话可以直接用，loose一般结构精度就够。
当然帮助收敛的方法先尽量用
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2015.11.02 10:13:47
Q:
[图片]老师，这两个lanl2dz有什么区别吗？
A:
一个是基组+赝势，一个只是赝势
summary:旁边写着详情
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2015.11.02 10:23:34
Q:
请教:Material Studio中如何方便的统计氢键的个数和键长？
A:
导出成xyz轨迹，载入到vmd里，用tcl脚本分析会方便灵活得多。比如：
计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本
http://sobereva.com/54
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2015.11.02 10:29:47
Q:
Sob老师，做电荷分析的时候，Mulliken电荷和NPA电荷迥然不同，同一个金属原子Mulliken电荷为+0.35，NPA电荷为-0.44，我在分析电荷分布的时候应该采用哪个呢？
好的，谢谢老师，用 Multiwfn能算Hirshfeld电荷么
/微笑知道了
Chelpg 电荷呢
A:
显然不考虑Mulliken的
NPA也未必合理，同时考察Hirshfeld电荷
当然能
手册4.7节有例子
能
[图片]
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2015.11.02 11:07:28
Q:
Sob老师，我用Multiwfn做了Hirshfeld 电荷分析，结果还是那个金属原子这次是0.002了，我该如何抉择啊？
A:
@15137596 用Hirshfeld。NPA对于过渡金属不是那么的靠谱。
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2015.11.02 11:08:10
Q:
sob老师 那个培训的ppt 能共享吗。。我想学习一下
A:
ppt共享什么的，是不可能的，除非我拿纳税人的钱
创造、传播知识的人都饿死了，就没人再创造、传播知识了
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2015.11.02 11:11:25
Q:
sob老师，过渡金属用什么方法分析电荷比较好？
A:
没有绝对的最佳选择，但相对来说Hirshfeld表现还比较稳定
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2015.11.02 11:12:20
Q:
[图片]请问这样的填色图，用sigmaplot还能进行改进吗？（PS：这个是直接利用sigmaplot export）
A:
@ruanyang 还打算怎么改进？
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2015.11.02 11:19:40
Q:
请问 用高斯怎么计算resp电荷
A:
光高斯算不了，得结合ambertools里的antechamber，或者R.E.D。或者用nwchem
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2015.11.02 13:09:14
Q:
@Sobereva 老师 我想用不同方法去计算同一分子的能量 在计算前都需要优化 但是 不同方法都是将同一分子优化到相同稳定结构 那么分子能量是否就相等呢？我感觉是 所以 那比较不同方法对能量计算的精度岂不是没意义？
A:
显然不等啊
同样的结构不同方法算的单点能不一样
不同方法优化出的几何结构也不一样
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2015.11.02 13:12:45
Q:
老师，高斯可以计算周期性体系的激发态吗？
@Sobereva [Image]今天老师让我计算周期性体系的激发态，我觉得台异想天开了
A:
不能
@乖娃娃恶意卖萌 高斯里只能把周期性体系截成团簇来算激发态
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2015.11.02 13:17:27
Q:
老师，在算ecd时，发现第一个激发态的波长是负数，第二个激发态的波长是2000nm多，这是为什么呢？
老师， 一个过渡金属的配合物是不是就不可能是三重态的，这样有两个单电子，是不是就是说这个物质很不稳定呢？
老师，基态波函数不稳定，应该怎么改进呢？是不是多重度的问题呢？
老师，激发波长是出现负数，是不是说这个激发态的计算一定是不正确呢？三重态的金属配合物是不是更本就不可能存在呢？
老师，有没有可能第一个激发态的激发波长是2000nm,但是振子强度很小很小，就是说这种激发态发生的概率很低很低，这样的结果可能是正确的吗？
老师，这是什么态，您能解释一下吗？
那么如果出现激发波长2000nm的这种情况，是不是说我的计算又是不正确的呢？老师，二价钴和三价锰的激发态是不是都不好算/
老师，激发波长为负，除了多重态的原因，还有什么其原因呢？
A:
@Nicole 基态波函数不稳定
自旋多重度不对是可能性之一
不正确
可能存在
没准儿是ghost态
[图片]
@Nicole 单重态时没考虑对称破缺、SCF恰巧没收敛到实际基态波函数
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2015.11.02 13:28:12
Q:
谢谢sob老师，dmol3只能做从头动力学吗？不知道能不能做其他的动力学方式。
哦，这样
sob来说，我看别人的文献里面只说用BOMD做了动力学模拟，那既然BOMD，肯定是在从头条件下作的MD，对吧
因为在他们的文献中，只说了BOMD，没有在什么方法基组下。
在半经验级别下也能做bomd，那dmol3是不是做不了
得用其他模块
好的，谢谢sob老师。我看看这个
DFTB+,需要自己体系的库文件。
[图片]
sob老师，你说如果我用MS里面的dmol3做从头动力学，然后我引用其他免费程序，如CPMD，是否可以呢，他们选择相同的方法做出来的是否等价的。
这样，那哪个更准确呢，我看用MS dmol3和CPMD做动力学的都有
问下Material Studio，可以做BOMD吗？怎么没找到，在dmol3里面吗
A:
还打算做什么动力学？分子力场的动力学是forcite/discover做的
也可以在半经验级别下做
dmol3能做
dmol3不支持半经验
@巴拉巴拉 DFTB+也支持动力学
@巴拉巴拉 这两个相差太大。诸如高斯算的说成gamess、orca算得还行。
都可以，不是程序决定的，而是参数设定决定的
----------------------------------------------------
2015.11.02 13:35:06
Q:
从头算动力学Amber配Gaussian能算吗？
A:
@LiYuanhe 能
----------------------------------------------------
2015.11.02 13:50:31
Q:
@Sobereva 老师 我想用不同方法去计算同一分子的能量 在计算前都需要优化 但是 不同方法都是将同一分子优化到相同稳定结构 那么分子能量是否就相等呢？我感觉是 所以 那比较不同方法对能量计算的精度岂不是没意义？
A:
都回复过了，看聊天记录去
----------------------------------------------------
2015.11.02 13:52:02
Q:
好的，明白了，谢谢sob老师。
再麻烦问下，如果仅仅用MS中的dmol3做动力学模拟，而没有版权，是不是不敢用呢，即使只是一点点的 动力学数据。
A:
自行斟酌[Image]
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2015.11.02 14:22:46
Q:
老师 计算一个分子的单点能之前是需要优化的对吧？
我是想比较不同方法对同一分子的能量计算精度
但是，我记得手册有讲过优化和计算的方法要一致
A:
只有IRC和振动分析必须与优化级别一致
其它说法都是误解或者以讹传讹
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2015.11.02 16:34:24
Q:
请教：Problem with file /opt/soft/g09D01/l1.exe omode 33277 compare 7.如何解决？
从来没有运行成功过……
请问是服务器和高斯程序不兼容吗？
A:
如果从来没运行成功过，换个老g09版本
一方面可能没配置对，一方面可能程序本身和CPU不兼容
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2015.11.02 16:39:50
Q:
有人询问E5-2643 v2 报￥10600。是不是贵的离谱了？
A:
在淘宝上搜
E5-2643 v2 正式版
看平均报价就知道了
----------------------------------------------------
2015.11.02 17:03:11
Q:
请问，看modern quantum chemistry，看到使用自旋adapted（怎么翻译？）函数导出来S1和T1的能量差了2倍的交换能，但是使用空间函数导出来只差了1倍的交换能，试着推导了一下，但是还是不太懂........这种变化，是因为波函数进行了线性组合，导致计算出来的交换能仅为使用空间函数时候的1/2 ？
那我们具体使用的时候，比如绘制各种轨道图的时候，对跃迁过程进行波函数分析的时候，我们采用的是哪种波函数呢？是未adapted的空间函数的吗？ 那自旋adapted函数又在什么时候使用呢？ 个人是个外行，能力有限，一个人实在是想不通，烦请各位老师不吝赐教[Emoticon]
A:
@0188 CI、CASSCF、TDDFT计算大多都是基于组态函数(CSF)的，是自旋纯态，每个CSF是一个或多个行列式组成的，就是你的那个意思。S1若以单个slater行列式描述就不合理了，<S**2>就不是0了。
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2015.11.02 17:21:16
Q:
@Sobereva sob老师[Image][Image]我对一个分子进行柔性扫描，以上大体是我的输入文件，而且也正常结束了，但是我用gaussView打开就这样了[Image]，老师是不是我哪个地方错了，求解释
但是我打不开啊
就是没有办法看到构型啥的
A:
结果正常就别管那提示
自己想办法骗过gview
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2015.11.03 17:51:04
Q:
@Sobereva 老师，[图片]这些是什么错误呢？
A:
insufficient memory
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2015.11.03 18:12:18
Q:
谷歌上不去
A:
@凌云 http://www.itechzero.com/google-mirror-sites-collect.html
--> 我的回答：公社网站上这个框
恩，这个portal总是更新为当前可以用的google镜像
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2015.11.03 18:20:19
Q:
这两年量子化学似乎没有什么惊天动地的进展，Gaussian不知还能加什么。F12? PNO-CCSD(T)？
A:
此帖7L是我的期望
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1802
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发表于 Post on 2015-11-6 23:43:48
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