求助多原子离子如何设置参数

topend · 发表于 Post on 2019-3-28 07:49:47

已经从文献找到一些离子的OPLSAA力场参数，请问在哪个文件里设置呀？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-28 08:14:28

拓扑文件里修改对应离子的[moleculetype]里的信息，或者修改oplsaa力场目录下的相关文件，取决于你具体找的是什么参数

topend · 发表于 Post on 2019-3-28 11:08:08

sobereva 发表于 2019-3-28 08:14
拓扑文件里修改对应离子的[moleculetype]里的信息，或者修改oplsaa力场目录下的相关文件，取决于你具体找的 ...

谢谢Sob老师，我查到的参数包括非键参数(q,σ,ε)和键(r0,kr)键角(θ,r0)参数，请问是修改oplsaa下哪些文件呢？还想请问下像硫酸根这样的常用离子还有什么比较简单的方法呢？

西南向北 · 发表于 Post on 2019-3-28 16:01:19

亲问您添加成功了吗？最近我也是在添加阴离子，但是模拟时总是出现如下错误？
1 particles communicated to PME node 1 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.
我在mdp文件设置的参数应该没问题，因为之前模拟过，结构也是之前模拟的结构

topend · 发表于 Post on 2019-3-28 17:35:57

西南向北发表于 2019-3-28 16:01
亲问您添加成功了吗？最近我也是在添加阴离子，但是模拟时总是出现如下错误？
1 particles communicated t ...

还没有呢，您是用什么方法添加的离子参数呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-28 23:17:56

topend 发表于 2019-3-28 11:08
谢谢Sob老师，我查到的参数包括非键参数(q,σ,ε)和键(r0,kr)键角(θ,r0)参数，请问是修改oplsaa下哪些文 ...

改ffnonbonded.itp、ffbonded.itp里的相应项

西南向北 · 发表于 Post on 2019-3-29 08:32:06

topend 发表于 2019-3-28 17:35
还没有呢，您是用什么方法添加的离子参数呢？

改写itp文件

rice · 发表于 Post on 2020-4-23 14:29:28

你好，我想问一下你硫酸根的力场文件是参考的哪篇文献？模拟效果好么？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-8-31 19:11:58

西南向北发表于 2019-3-28 16:01
亲问您添加成功了吗？最近我也是在添加阴离子，但是模拟时总是出现如下错误？
1 particles communicated t ...

您好，请问您怎么解决这个问题的？

不明嚼栗子 · 发表于 Post on 2020-11-27 11:31:04

努力向上的boy 发表于 2020-8-31 19:11
您好，请问您怎么解决这个问题的？

您好，请问您是如何解决这个问题的？

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