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[GROMACS] 文献中黏度的模拟求助

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如图是一篇文献中关于低共熔溶剂黏度的模拟,请问有大神知道这是什么意思么?他说的0.04-0.24这个值是cos-accelerate吗?6-12个加速度振幅又是什么意思啊,他说的具体在mdp文件中怎么实现呢?

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发表于 Post on 2020-11-27 20:48:20 | 只看该作者 Only view this author
是cos-accelerate
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-28 09:41:24 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,那么这两句话怎么理解呢,具体在模拟中如何实现呢?希望各位大神指点

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发表于 Post on 2020-11-30 10:11:20 | 只看该作者 Only view this author
二饼妹 发表于 2020-11-28 09:41
谢谢老师,那么这两句话怎么理解呢,具体在模拟中如何实现呢?希望各位大神指点

6-12我不清楚,可以发邮件问作者
反正肯定是在这个范围区间依次取一些值,每个跑10 ns模拟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-30 20:50:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-30 10:11
6-12我不清楚,可以发邮件问作者
反正肯定是在这个范围区间依次取一些值,每个跑10 ns模拟

谢谢老师,我发过邮件了,但是没有得到回复。意思是将cos-acceleration在0.04-0.24内取6-12个不同的值,如取6个不同的值,就通过6个vis.mdp来实现,然后gmx grompp -f vis2.mdp -c vis1.gro -p xx.top -o vis2.tpr,每一次用的.gro文件都是上一次跑出来的,这样是对的么?

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发表于 Post on 2020-12-1 16:11:45 | 只看该作者 Only view this author
二饼妹 发表于 2020-11-30 20:50
谢谢老师,我发过邮件了,但是没有得到回复。意思是将cos-acceleration在0.04-0.24内取6-12个不同的值, ...

每次都重新跑,不是基于上次的gro,否则不公平
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-1 21:53:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-1 16:11
每次都重新跑,不是基于上次的gro,否则不公平

谢谢老师,麻烦您再帮我看一下这段话,目前我的理解:在0.04-0.24内选取6-12个不同的cos-acceleration,分别进行10ns模拟取样(用的gro是平衡后的eq.gro),然后绘制不同的黏度关于cos-acceleration(即文中的Λ)值的图,当Λ=0时y轴的截距就是系统的黏度值。不知道这样理解是否正确?还请老师指点。

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发表于 Post on 2020-12-2 07:48:50 | 只看该作者 Only view this author
二饼妹 发表于 2020-12-1 21:53
谢谢老师,麻烦您再帮我看一下这段话,目前我的理解:在0.04-0.24内选取6-12个不同的cos-acceleration, ...

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