求助 蛋白粗粒化模型，较为保守的蛋白但变化很大？

Wey

我用charmm-gui构建的多聚体粗粒化模型，不处理轨迹时，各个蛋白自身也会分离，处理了轨迹，让蛋白自身保持完整，各个蛋白的粒子杂糅在一起。我尝试只跑了这个多聚体的一个蛋白，用这样的参数，也有上述情况，蛋白自身变化就很大，二级结构不在了，而且初始结构具有相互作用、反向平行的β折叠现在相隔很远。我查看了蛋白的拓扑文件，里面bond angel dihedrals等这些信息都有，系统拓扑里也加入了各个蛋白的拓扑和martini力场文件。请教各位老师，可能是哪里出现了问题 附件是的多聚体其中一个蛋白的itp，以及systom.itp，以及production的mdp文件和运行的命令行 求问：在用charmm-gui生成输入文件后，是直接将gromacs文件夹里的文件上传到工作站，就可以提交任务了嘛？需不需要再进行其他操作呢 蛋白拓扑文件包含的信息，如何确定有没有正常识别并应用啊

k64_cc

martini跑蛋白得加elastic net，体系考虑用这个构建，比charmm-gui的强：https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize

Wey

k64_cc 发表于 2023-8-28 11:52
martini跑蛋白得加elastic net，体系考虑用这个构建，比charmm-gui的强：https://github.com/marrink-lab/v ...

好的！我试试呢！谢谢

Wey

k64_cc 发表于 2023-8-28 11:52
martini跑蛋白得加elastic net，体系考虑用这个构建，比charmm-gui的强：https://github.com/marrink-lab/v ...

请问，您有这个的构建教程推荐嘛

k64_cc

Wey 发表于 2023-8-28 15:12
请问，您有这个的构建教程推荐嘛

http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction-gmx5

你点开那个软件就看见了呀

Wey

k64_cc 发表于 2023-8-28 16:54
http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction-gmx5

你点开那个软件就看见了呀

好滴！我看看 谢谢您~