求助怎样用packmol和gromacs跑模拟

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-3-25 20:47:07

向各位模拟大佬求助下，我已经用packmol做出了一个含有两种分子的体系，用acpype.py得到了体系中两种分子的拓扑文件，接下来是把拓扑文件和结构文件交给grompp跑模拟，拓扑文件就是两种的分子的拓扑文件吗？拓扑文件就是用packmol做出来的体系文件吗？而且能量最小化需要用到min.mdp参数文件，这个文件该怎么得到？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-25 21:25:31

自己照着现有的其它例子写一个标准的top文件，把含有两种分子的[moleculetype]的itp文件include进去
min.mdp照着手册写，或者在靠谱的人提供的mdp基础上去改
之后我抽空会写一系列gromacs入门文章，到时候里面就有靠谱的mdp模板

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-3-26 13:58:27

sobereva 发表于 2019-3-25 21:25
自己照着现有的其它例子写一个标准的top文件，把含有两种分子的[moleculetype]的itp文件include进去
min.m ...

好的，麻烦老师了

zhangfaxue · 发表于 Post on 2023-11-23 21:39:30

请问楼主用packmol 生成的模型是否遇到残疾名称显示全为MOL的情况,如果遇到应该怎么处理？

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