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[Material Studio] 利用MS研究分子在不同氢浓度下的稳定性的问题

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各位老师好,想请问一下MS软件是否可以研究分子的热稳定性。我想研究的内容是在不同氢气浓度下,不同的分子的热稳定性。我之前利用Forcite 模块做了初步探索,但是结果不好。目前的想法是:建立100个氢气分子和待研究分子的晶胞,利用NPT系综跑分子动力学。
有以下几个问题:
1.想要通过P和T条件达到控制氢气浓度的目的,但我不知道这样做是否可行?
2.晶胞的密度如何设置,模拟之后结果只能从能量角度分析稳定性吗?

3.动力学模拟之后的结果能否输出分子的键能?
希望有做过这方面研究的老师能指点一二,不胜感激!

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发表于 Post on 2020-12-21 12:47:01 | 只看该作者 Only view this author
如果你是从是否容易热分解角度考察热稳定性,显然不行。Forcite既不是量化程序,又不支持反应力场,根本都没法描述分解反应,更别提讨论热分解稳定性了

键能根本就不是通过动力学方式来算的。公社论坛首页google框搜 键能,了解相关的计算常识
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-21 13:38:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-21 12:47
如果你是从是否容易热分解角度考察热稳定性,显然不行。Forcite既不是量化程序,又不支持反应力场,根本都 ...

感谢社长回复。键能的计算方式我已经掌握了,但因为我想算的是在外界条件(氢逸度)影响下的键能,就不知道怎么算了。

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发表于 Post on 2020-12-21 13:53:43 | 只看该作者 Only view this author
西村W 发表于 2020-12-21 13:38
感谢社长回复。键能的计算方式我已经掌握了,但因为我想算的是在外界条件(氢逸度)影响下的键能,就不知 ...

没法这么考察
本来键能就是键的内禀特征,不受外环境影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-21 14:44:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-21 13:53
没法这么考察
本来键能就是键的内禀特征,不受外环境影响

感谢社长回复。我在一个盒子里填充不同比例的氢气和待研究分子,NPT模拟之后观察待研究分子的总能量,据此判断待研究分子的稳定性,您觉得这种方法是否靠谱呢?

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发表于 Post on 2020-12-21 15:28:06 | 只看该作者 Only view this author
西村W 发表于 2020-12-21 14:44
感谢社长回复。我在一个盒子里填充不同比例的氢气和待研究分子,NPT模拟之后观察待研究分子的总能量,据 ...

你首先得对稳定性有个确切的定义,本身这个词是极为含糊的,有不同衡量方式
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-21 16:26:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-21 15:28
你首先得对稳定性有个确切的定义,本身这个词是极为含糊的,有不同衡量方式

多谢社长回复。主要还是想看热稳定性上的差异,我查到的衡量热稳定性的方式有下面几种(见图片)。我不是纯做化学的,所以想从最简单的方式验证一下,就考虑到直接用分子模拟之后的总能量衡量,但不知道是不是可靠的。

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衡量热稳定性的指标

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发表于 Post on 2020-12-22 02:10:50 | 只看该作者 Only view this author
西村W 发表于 2020-12-21 16:26
多谢社长回复。主要还是想看热稳定性上的差异,我查到的衡量热稳定性的方式有下面几种(见图片)。我不是 ...

总能量并不直接说明什么

按照这个逻辑,物质在真空下一定不如溶液下稳定,因为溶液下分子与环境分子相互作用会造成能量降低。然而显然这个结论是错误的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-22 10:39:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-22 02:10
总能量并不直接说明什么

按照这个逻辑,物质在真空下一定不如溶液下稳定,因为溶液下分子与环境分子相 ...

嗯嗯,谢谢社长了。我再思考思考。

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