公社群聊Q&A整理：2015.11.13 08 ~ 2015.11.15 20

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-18 15:32:49

本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-23 10:21 编辑

这几天电脑拿去修了，一导出发现又有好多(⊙﹏⊙)b，形成了一个Gap，慢慢对接。暂时不上传以往全文附件。

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

本次附件（附件内容与下文一致）：

2015.11.13 08 ~ 2015.11.15 20.txt (24.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2015.11.13 16:16:26
Q:
老师，我还有另外个问题，就是pop=nboread opt之后，为什么*.38和*.39文件大小为0，无法用Multiwfn读取呢？
A:
拿最后结构算个单点看输出的nbo plot文件是否正常
注意看屏幕提示
Q:
哦，就是结尾空一行，加上$NBO plot file=NLMO $END 么？
$NBO NLMO plot file=文件名 $END 这样是么？老师
A:
@15137596 y
----------------------------------------------------
2015.11.13 16:17:16
Q:
态平均计算的能量靠谱还是单纯对某一激发态计算的能量靠谱
CASSCF计算一个用权重0,.1, 0.1, 0.1, 0.7 一个用权重0.1,0.1，0.1,0.1,0.6计算，对应的nroot=3的能量是前面的准确性高还是后面的准确性高？
A:
都不合适。你要算激发态的话，所有态权重弄一样就完了。
Q:
所有权重弄一样？
权重都一样的画是不是就是对所有态的波函数同时优化？
A:
@杉演杰方 y
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2015.11.13 16:18:39
Q:
[url=home.php?mod=space&uid=1]@sobereva[/url] 老师，我再次尝试做pop=nboread，但是结果还是*.38和*.39文件大小为0，仍旧不能用，怎么回事呢？命令如下：pbe1pbe/def2tzvp opt pop=nboread，求指点
A:
@15137596 38、39对应的是PNLMO和NLMO，所以$NBO里也写上NLMO让程序做NLMO分析，否则可能不输出。
----------------------------------------------------
2015.11.13 16:25:15
Q:
请问计算过渡态时候总是出现Error termination request processed by link 9999.
# opt=(calcfc,ts) freq hf/3-21g iop(5/13=1,2/11=1)关键字用的这个
为什么呢
A:
[图片]
群内积极展开对5/13=1的大批判
Q:
强烈建议高斯删掉这个无知的iop
A:
不懂的就别瞎用，就这么简单
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2015.11.13 17:08:59
Q:
@SET 我觉得也不是太清楚[Emoticon]这两个吸附反应的反应物是不一样的，A反应的吸附质没有H原子，B反应的有H原子，可以跟表面能形成H键。我的意思是B反应能垒高，是否能说是跟它的反应复合物的能量低有关？这么说行吗
A:
@蝶恋花你还得看过渡态结构的差异
----------------------------------------------------
2015.11.13 17:08:59
Q:
[图片]老师，为什么我做的数据中H总是不好呢，你看看中间这个明明比下面的强，但是H却小@Sobereva
A:
@天堂鸟 H越负相互作用越强
----------------------------------------------------
2015.11.13 17:22:56
Q:
@Sobereva 老师，我的问题还是没有解决，
# pbe1pbe/def2tzvp pop=nboread
1
-4 1
分子结构
*.38 和*.39文件大小还是0,/惊恐
$NBO NLMO plot file=1 $END
A:
你看看NLMO分析正常做了没有
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2015.11.13 17:35:22
Q:
我刚接触高斯，前两天算东西不收敛，查了一下加了iop(5/13=1）然后收敛，结果正确，然后就积极的用，刚看到各位前辈们积极的批判这个关键词，我翻看了历史记录没有找到，好心的前辈们能不能告诉一下我，是不是用这个关键词算出来的东西就不能用呢？
A:
坚决不用！
谁用谁傻
LiYuanhe(133063300) 15:07:43
5/13=1就是，治疗癌症的方案为: 使得PET拍片的时候，如果发现你有癌症，就输出一张其他人的正常结果。然后你拿着正常结果感激涕零的走了。
一个成语解释它就是：饮鸩止渴
Q:
我知道了，那我就理解为前几天的正确结果是别人骗我开心的
[伤心][伤心][伤心]
A:
应该是这个
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
解决SCF不收敛看此贴
5/13=1是以讹传讹骗小白的
Q:
谢谢sob老师
我说这个关键词这么好用，我一加就收敛了
A:
一会儿在61那个博文里加一段话，专门喷5/13=1
----------------------------------------------------
2015.11.13 17:42:11
Q:
请教[图片] 这是什么芳香性？
A:
sigma电子产生的芳香性。一般说的芳香性，诸如苯的，都是pi芳香性
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
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2015.11.13 17:44:53
Q:
我想问一下，群里有谁做过AMBER的MM-PBSA教程么？？？我刚第一步下载pdb文件就显示：The file contained 3862 atoms not in residue templates。然后我运行saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd这一步，总是显示：FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<O 19> does not have a type.
FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<OXT 20> does not have a type.
Failed to generate parameters
Parameter file was not saved. 这个问题怎么破？？？跪谢大神指点
A:
可能leap里没有载入力场库
Q:
啊。。。那要怎么添加呢？？？
A:
教程里应该有，就是source leaprc.ff?? 那一句，??对应所用的力场
Q:
/可爱我实在搞不清楚啦
A:
或者leap后面-f接的那个参数
仔细看教程，仔仔细细地看
Q:
tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
source leaprc.gaff 之后得到：
$ tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
-I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/prep to search path.
-I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/闪电b to search path.
-I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/parm to search path.
-I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/cmd to search path.
-f: Source oldff/leaprc.ff99SB.
Welcome to LEaP!
(no leaprc in search path)
Could not open file oldff/leaprc.ff99SB: not found
> source leaprc.gaff
----- Source: /public/software/傲慢
[表情]教程里面没说这个
额。。。我把我的记录复制过来给老师看看的，我也不种地怎么回事。。。
A:
提示很清楚
Could not open file oldff/leaprc.ff99SB: not found
Q:
[图片]
A:
load蛋白pdb之前必须先把力场库加载好，要不然才不认你的蛋白呢
[图片]
Q:
[表情]
A:
这些都是，source自己合适的
Q:
我想问一下，那我这个命令：tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
source leaprc.gaff
不是已经添加上合适的力场了吗？
A:
提示都写了没找到leaprc.ff99SB啊
你-f或者source个能找到的就完了
近来的amber版本力场库文件的名字老变，用户要随机应变
Q:
哦哦，我试试
就是先source leaprc.gaff找到合适的力场了，再tleap -f 合适的力场对吧？
/糗大了之前没用过amber，搞不清楚。、。。。
A:
-f是linux命令行启动leap时用的，source是进leap后用的，都是等价的
你得先加载一个蛋白的力场，比如leaprc.ff14SB，然后再加载一个小分子力场leaprc.gaff
----------------------------------------------------
2015.11.13 17:55:29
Q:
老师，你说的H代表强弱是指的数值的绝对大小，而不是绝对值大小？对么@Sobereva
A:
H越负，作用越强
Q:
老师你说H越负数相互作用越强，是指的其数值越小相互作用更强？比如-0.06比0.06强，而-0.06比-0.03强， 0.03比0.06强？@Sobereva 是这样么老师
我知道H越负，作用越强越强，但是涉及到正数：0.00015比0.01强对否？@Sobereva
A:
越负的含义已经很明确的，对于正值就是越小
----------------------------------------------------
2015.11.13 18:16:28
Q:
[图片]
能用Mulfin画吗
CDA
A:
能
Multiwfn!=Mulfin
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
Q:
@一杯热茶我看到几篇文献中有那样的图，但都是概念图，就告诉那些轨道相互作用。我自己也想作这样的图，试过几种方法，但都没凑效，所以最后我也只能根据理论画出概念图。
@一杯热茶 multiwfn虽说可以作这样的图，但是对于金属配合物，multiwfn作的图不理想。
A:
不是不理想，是没调合适
Q:
@Sobereva 我调过
A:
得仔细挑，包括连线规则、是否显示bar
CDA算电子转移量并不准，因为d,b项都有电子极化的效应搀和在里面
但是CDA可以得到电子转移的细节信息
用origin
Q:
@Sobereva 为了仔细调出自己想要（基于理论）的结果，我话了好几个小时来调这样的图，在您的文章中，有Pt(NH3)2Cl2 ，你可以试试你的这个例子，看看其片段轨道相互作用图。（把该体系分成Pt和(NH3)2Cl2 两个片段）
A:
@sh.w.zhang 轨道能量、片段轨道对复合物轨道的贡献都是能直接输出出来的，直接输出的图不满意就放到origin里手动作图就完了
Q:
@Sobereva 我这样做过。举个例子，[Image]图片中轨道的相互作用图，可以得到红线中标注的轨道作用，但是没有没有得到图片中绿线标注的轨道信息。（我们先不讨论这个问题了，我周末再重新检查一遍，然后再给你反馈。）
A:
这不属于程序或者CDA的问题，是实际分子轨道计算的问题。实际计算时也应能找到图中2eg对应的轨道，也有轨道能，CDA模块也能输出两个片段的轨道产生的贡献，直接在origin里画上去就行了。
有些这种图过于理想化了，实际计算中会有一些细节问题，诸如Pt的空轨道朝向等。
----------------------------------------------------
2015.11.13 18:32:50
Q:
老师可以帮我发一下有关NBO自然电荷分析的链接吗
A:
@高冷的小丸子群共享原子电荷计算方法的对比
以及http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
----------------------------------------------------
2015.11.13 18:33:17
Q:
一个A原子既有B原子的电子注入，又有对C原子的电子转出，能定量化注入多少，转出多少吗？@Sobereva
A:
@一杯热茶能
Q:
！怎么整？
A:
！看完博文再问
----------------------------------------------------
2015.11.13 19:42:49
Q:
刚刚从网页下载的chemcraft，就显示过期不能用，怎么办？急！
想用chemcraft查看NBO轨道
你的是破解版吗@Elaine
你传我一个吧
A:
拿Multiwfn看NBO就完了
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
以前还发现chemcraft看个别NBO时有bug，轨道图形都不对
----------------------------------------------------
2015.11.13 20:03:53
Q:
请教sob老师，我在用molclus软件进行分子团簇搜索时，搜索了乙醇分子的，结果乙醇分子的羟基的方向发生的转变[图片] 这是怎么回事呀？
A:
优化时自然会旋转
动力学过程中也会旋转
Q:
可以旋转了之后就不再是原来的分子了吧
可是旋转了之后就不再是原来的分子了吧，这样就改变了分子的构型了吧
分子之间形成团簇是不会产生分子内部的构型发生变化吧
A:
分明是构象变化，怎么是构型变化？不是乙醇还是什么？
Q:
本来乙醇的构型是这样的 [图片]，但是通过分子动力学模拟以后，形成的团簇构型里面的乙醇是这样的[图片]，各位老师帮我看看，这样的变化正常吗？
A:
当然正常啊啊啊
Q:
再请教一下sob老师，我通过gaussian自己摆的构型进行opt之后，分子团簇中的乙醇分子还是这样的[图片]，没有发生羟基的转向。同时，我也手动摆了很多的构型，结果都没有发生乙醇中羟基的转向，变的只是分子间的距离和作用的位置，对于放入的分子的构型基本上是没有变化那么通过molclus软件进行分子团簇构型搜索，得到的团簇中的乙醇分子都发生了转向，这是怎么回
事？是不是说明，分子形成团簇时，是会改变分子内部的结构的吗？
A:
乙醇又不是刚性的，和其它分子相互作用转向调整太正常了
Q:
那为什么我通过手动放的构型，进行opt为什么都没有产生这种现象，是因为进行opt的级别不够吗？还是？
A:
优化恰好陷入了极小点，或者你手动摆的时候恰好没摆成那个极小点附近的结构
手动摆考虑不全面，正是构象搜索的优势
Q:
那如果分子形成团簇的时候产生的分子内部的变化，这说明什么？
A:
变就变啊
不必大惊小怪
优化是自发往能量更低的极小点优化的
从原理上考虑
----------------------------------------------------
2015.11.13 20:18:08
Q:
是不是除了经典的MD之外别的MD都可以叫做abMD或者FPMD啊？
A:
经典这个词有不同含义，有时候指纯粹BOMD的AIMD（不考虑核的零点振动），有时候指基于经典力场的MD
----------------------------------------------------
2015.11.13 20:32:55
Q:
我仍旧没有办法得到NLMO的信息Sob老师
A:
到底程序做了NLMO分析没有？
Q:
仍旧是没有，plot文件为0
A:
怎么没做？有什么提示？
Q:
不知道为什么程序不肯给我做NLMO分析
正常结束，没有提示啊
A:
仔细看
----------------------------------------------------
2015.11.13 22:33:58
A:
看你要算什么
Q:
小的想请教一下老师，双自由基是否只能td计算呢？
A:
算双自由基什么性质？
跟TD根本无关
对称破缺DFT就行了，见
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
Q:
看文献是写的用TDDFT，有的是DFT/ub3lyp,有的直接0，3。然而自己并不清楚，就好混乱，在此特别感谢Sob老师指点/抱拳/抱拳/抱拳
A:
[Image]
----------------------------------------------------
2015.11.13 23:08:08
Q:
请教一下
比如对水分子来说，用6-31g(d,p)或6-31g**
[图片]
这里面对氧加了的d极化函数和对H的p极化函数导致最终的初始波函数是什么样的？
是要对氧添加的d的氢添加的p同样做31g分裂价基处理么？
A:
描述不确切
应该说给所有原子增加一层极化函数
初始波函数描述不确切。而且波函数是什么样和这个无关，这是基函数，组合系数才决定波函数。
极化函数都是非收缩的
分裂价只是对原有的价轨道而言
幻灯片都没有正确理解6-31G**所谓的轻原子的含义。
后面那个*是对于轻原子而言的，轻原子是指H和He，而不是仅仅氢原子
Q:
确是说的有些混乱，那这个增加的d或者p怎么加到6-31g后面的？还是用的高斯型函数表示的么？
A:
是
[图片]
Q:
d轨道的具体表示是什么样的？有相关资料么？
A:
[图片]
[图片]
网上乱七八糟的中文资料真是没法看
Q:
是的，谁和谁讲的都不太一样，我就想找个权威点的看看，多谢，我先看看您的图片
A:
想更多了解基组，别看网上乱七八糟的特别是中文的，把群共享里基组入门资料小合集看了就够了，那里面都是我挑出来的绝对没问题的
Q:
[表情]
这个6,3,1怎么来的，有没有神马说法
A:
基函数的收缩度。看了群共享里那些资料自然就明白了
[图片]
----------------------------------------------------
2015.11.13 23:36:28
Q:
@Sobereva
我想算磁场下结构优化和分子动力学
A:
London程序可以做（动力学不支持），但是你得找helgaker他们要
达到你最终目的希望渺茫
----------------------------------------------------
2015.11.14 00:00:23
Q:
添加d极化的话，由于分裂价基只是对原有的价轨道而言，这个增加的d轨道不是原有的价轨道，而且由于d轨道有5个简并的轨道，因此实际是在6-31g的基础上又加了5个高斯型函数，这五个高斯型函数是由6个笛卡尔型的高斯函数的线性组合形式给出的，是这样么
A:
@果蝇是。
但是高斯中直接用6-31G**的话，会默认用笛卡尔型基函数，所以增加了6个d基函数，或者说增加了一层d基函数。
Q:
那对氢或氦添加了极化，结果只增加了3个p基函数
A:
y
----------------------------------------------------
2015.11.14 00:12:58
Q:
计算化学公社有APP吗
A:
无
Q:
以后会有吗
A:
不会
----------------------------------------------------
2015.11.14 16:57:33
Q:
@Sobereva [图片]老师，这个计算polar的错误该怎么办呢
A:
@乖娃娃恶意卖萌讲义上都印着啊，就是单点能计算那部分
----------------------------------------------------
2015.11.14 17:03:14
Q:
我记得您上次贴出了一个不同溶剂的介电常数，抱歉的是我没保存，可以麻烦您在贴一次吗？
A:
@风飞查CRC handbook，那里很全，群共享里也有个表
----------------------------------------------------
2015.11.14 17:03:14
Q:
[图片][图片]各位老师，我算完TD-DFT，想用这个chk文件继续算一下NTO，但是提示不可算，又正常结束了，想请教一下错误在哪，万分感谢，我比较菜，纠结好久了
A:
@随风那个不是错误提示
----------------------------------------------------
2015.11.14 17:03:14
Q:
请教一下NBO分析中，
18D+1
18D-1
18D+2
18D-2
18D 0
和NBO的形状dxy，dx2-y2，dxz，dyz，dz2有固定的对应关系吗
A:
@haha 球谐型与笛卡尔型Gauss函数的转换关系
http://sobereva.com/97
----------------------------------------------------
2015.11.14 17:13:44
Q:
[图片]
算到这就不算了
A:
单个原子你优化个啥？
----------------------------------------------------
2015.11.14 17:14:37
Q:
[图片]
A:
这就是缺乏最基础理论知识的后果
关于5/13=1，昨天在此文最后增加了一个大批判
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2015.11.14 19:20:19
Q:
老师您好怎么用gaussview在chk文件中查看分子的尺寸，长宽高？谢谢老师
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
----------------------------------------------------
2015.11.14 19:21:25
Q:
@Sobereva [图片]老师，这个酸爽怎么处理呢？
@Sobereva 可以用opt=calcall来解决吗
A:
可以一试
----------------------------------------------------
2015.11.14 19:57:33
Q:
老师：您好！关于nmr的计算，要想与实验值更加的接近，我们需要算TMS的数据，也就是要单独算四甲基硅烷的核磁数据，然后用我们化合物的核磁数据减去四甲基硅烷的核磁数据（化学位移），是吗？如果有溶剂，是否还需要在计算四甲基硅烷时也要加上溶剂化效应？
A:
是
需
----------------------------------------------------
2015.11.14 20:28:12
Q:
问一下大家，走IRC的时候总是出现这样[图片]怎么可以解决呢
A:
IRC里写LQA
----------------------------------------------------
2015.11.14 21:40:54
Q:
@Sobereva 看您的帖子《DFT-D色散校正的使用》中说由于DFT-D也改进了中程相关作用的描述，因此对热力学性质的计算精度也有改进。Sob老师能解释下吗，中程相关与热力学计算的关系
A:
比如计算过渡态，会有被拉长的键，这就涉及到DFT-D能矫正的范围了
Q:
哦，是指的这类情况，明白了。还有传统泛函对于弱相互作用不对，主要指的是交换相关势中的相关势吗？还是交换势和相关势都不对？
A:
确切来说是传统泛函大多对于色散作用没法描述，或者描述很差
相关势不对所致
Q:
哦，但长程校正（LC）校正的是交换势吧？我看有文献说因为传统泛函交换势长程衰减太慢（按r的-1次幂衰减，而相关势按r的-4次幂衰减），不知这说的是否正确。如果正确，那说明交换势在长程也不对，那这不影响对色散的描述吗？
A:
@蝶恋花不一码事。
色散作用来自于库仑相关，靠相关泛函描述
所以交换势精确的HF也完全没法描述色散
----------------------------------------------------
2015.11.14 21:53:00
Q:
请教一下：如果体系在真空中进行MD，需不需要进行加离子中和电荷？
A:
注意真空中的带电状态。
那些水溶液下带电残基到了真空中是不会电离或质子化的
----------------------------------------------------
2015.11.14 22:12:10
Q:
最遗憾的事就是学量化基础课的时候老师没讲DFT理论，我们老师说DFT本质上是一种半经验方法（交换相关势是拟合得到的），可能有点偏见。倒是详细讲了后HF理论。但在实际研究中发现DFT是用的最多的，完全垄断了几十到几百个原子体系的计算，而至今一个后HF方法我还没用过！
不是，国内，其实上学时，我们量化老师教的也很好，是位老先生。但没讲DFT实在是遗憾
A:
学校开的量化课大多都学不到对于实际研究真正有用的东西
太正常了
Q:
[表情]这个结论可以几乎推广到任何课
A:
稍微新一点的后HF重要进展，诸如SCS-MP2，绝对没讲
不身居一线、不多接触主流形势，很难讲出对当下实际研究有用的东西来
----------------------------------------------------
2015.11.14 22:57:05
Q:
老师，请问做ＲＤＧ弱相互作用填色图时，怎么样设置可以“将是否ρ(r)小于0.005作为相互作用是否属于范德华作用的评判标准”@Sobereva
A:
不明白你的意思
不是设置的事
Q:
”从散点图上看，范德华作用的spike尖端的ρ(r)不会达到这么大，在原文中作者建议将是否ρ(r)小于0.005作为相互作用是否属于范德华作用的评判标准。另外O-H----Cl这样的构成也符合形成氢键的条件。这种情况实际上理应显示成淡蓝色，但由于色彩刻度上下限的设定有一定随意性，导致同一个色彩刻度范围未必对每个体系都很合适。“
您的原文
A:
一看spike位置不就知道了
Q:
做出来的图能喝ｓｐｉｋｅ对上，这样比较好一点吧
可以让填色图的绿色变成蓝色吗？强迫症星人[表情]
A:
小体系往往凭颜色就知道什么位置等值面对应哪个spike
判断不出来看这个
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
自己调色彩刻度设定
----------------------------------------------------
2015.11.15 00:12:34
Q:
sob群里有没有nbo linux的版本
A:
论坛有
花钱买
----------------------------------------------------
2015.11.15 20:04:58
Q:
%chk=copy4.chk
%nprocshared=4
%mem=2000MB
# B3LYP/Chkbas Genchk pop=(NTO,saveNTO) Density=(check,Transition=1) Geom=allCheck Guess=(Read,only)
****
2 1
各位老师，我想算NTO，但是一直不对，您看看这个gjf文件对么？谢谢谢谢
读取上一步TD-DFT算出来的chk文件
[图片]把下面的打勾，再打开log文件就能看到了
A:
@随风别弄那么多乱七八糟的check，老老实实算一遍
----------------------------------------------------

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