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[GROMACS] Charmm gui构建膜蛋白-配体体系 Replicate System进程报错

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本帖最后由 kopertqqq 于 2022-8-30 16:32 编辑

    本人通过Charmm gui构建膜蛋白-配体体系,然后在GROMACS中进行模拟,蛋白选取的是我前期实验筛选的一段序列,配体是去镁叶绿素a(因为加镁叶绿素分析配体参数的时候Charmm gui会报错),脂质用的是DPPC,配体类型是GAFF,目前可以顺利进行到组装体系这一步。接下来一步Charmm gui显示的是Replicate System,然后点击下一步后会出现报错信息,进程中止。蛋白配体图和pdb文件,Replicate System界面,膜体系图以及报错信息文档如下,由于报错信息太长,所以整理到了txt文档里,其中报错信息中的警告写的是:
***** LEVEL  0 WARNING FROM  *****

***** No atoms selected for deletion. Nothing done.

   请各位老师和朋友们看一下该如何解决,谢谢大家。

流程.png (43.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

Replicate System 界面

Replicate System 界面

蛋白配体图.png (162.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

蛋白配体图

蛋白配体图

膜蛋白配体可视化图.png (870.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

膜蛋白配体体系

膜蛋白配体体系

报错信息.txt

3.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

报错信息

pep_chla_cleanMg.pdb

23.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

蛋白配体pdb

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