求助：gromacs运行npt错误

dafc

大家好，想做一个溶液体系，希望能够较清晰的看出添加剂加入时配位变化，所以体系中分子少一些，构建的也较小。构建1.9nm的立方体盒子，运行npt时出现错误。
Fatal error:t
One of the box vectors has become shorter than twice the cut-off length or box_yy-|box_zy| or box_zz has become smaller than the cut-off.

npt.mdp内容
title                = NPT equilibration
define                = -DPOSRES        ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator        = md                ; leap-frog integrator
nsteps                = 6000000        ; 1 * 30000 = 30ps
dt                = 0.001                ; 1 fs
; Output control
nstxout                = 100                ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout                = 100                ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy        = 100                ; save energies every 0.2 ps
nstlog                = 100                ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation        = yes                ; Restarting after NVT
constraint_algorithm = lincs        ; holonomic constraints
constraints        = all-bonds        ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter        = 1                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
nstlist                = 5                ; 10 fs
rlist                = 0.9                ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 0.9                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                = 0.9                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order        = 4                ; cubic interpolation
fourierspacing        = 0.16                ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale        ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = system        ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1   ; time constant, in ps
ref_t                = 300         ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl                = Parrinello-Rahman        ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype        = isotropic        ; uniform scaling of box vectors
tau_p                = 2.0                ; time constant, in ps
ref_p                = 1.0                ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5        ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling = com
; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz                ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation

gen_vel                = no                ; Velocity generation is off

不知道怎么回事，向大家请教。

jimulation

标题是'gromacs'
盒子最短边长度必须大于cut-off的两倍。可以把盒子建得再大点

dafc

jimulation 发表于 2020-12-18 10:52
标题是'gromacs'
盒子最短边长度必须大于cut-off的两倍。可以把盒子建得再大点

谢谢

WUXIAOWEN

之前也遇到过这样的问题，虽然提示的是盒子大小设置不合理，但是调整盒子大小后还是不能运行，最后是调整了初始结构，建议再检查一下初始结构是否有问题。