请教：分组温控，v-rescale tau-t，能量最小化em，多谢！

bobosiji

1、分组温控，比如下面这种

• Tcoupl      = Nose-Hoover
• tc_grps     = Protein   Non-Protein
• tau_t       = 0.5       0.5
• ref_t       = 310       310
  

只对溶质是大分子才有必要，若溶质也是小分子，是没有必要的吧？
2、v-rescale tau-t 用1.0左右也可以吧。而且原则上，大一点的tau对系统的扰动更小，还更好一些：比如1比0.2更好？
  tau-t太大的话，跑模拟的温度控制太弱，离目标温度差太多也不好，但1.0应该还不算‘太大’？
3、能量最小化em的mdp里 constraints              = hbonds 和 no  两个都可以么？还是只能no？
多谢提点~

sobereva

1 对
2 若没有特殊情况，统一都用tau_t = 0.2就行
3 都可以，但我建议用no

bobosiji

sobereva 发表于 2020-12-23 08:20
1 对
2 若没有特殊情况，统一都用tau_t = 0.2就行
3 都可以，但我建议用no

"2 若没有特殊情况，统一都用tau_t = 0.2 (v-rescale)就行"
多谢提点~
我们要算扩散系数，原则上大一点的tau_t可能更好？我们可以分别测一下0.2，1的结果看看如何。
另外，涉及到动态过程，可能会有审稿人要求用nose-hoover温控。我们仔细看了下v-rescale算法的原始jcp2007&2009文献，觉得算很多动态性质（比如扩散率），v-rescale的表现应该比nose-hoover好。
我们也打算自己测一下看看哪个温控好：包括将来模拟其他动态过程也是。

sobereva

bobosiji 发表于 2020-12-23 20:51
"2 若没有特殊情况，统一都用tau_t = 0.2 (v-rescale)就行"
多谢提点~
我们要算扩散系数，原则上大一 ...

你不放心的话可以0.2、0.4、0.6都测测，应该结论不会有显著不同

那种审稿人是异类，不是普遍现象。