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[GROMACS] 求助采用OPC3的力场NPT后密度拟合的不好,是什么原因造成的呢?

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各位前辈:
     本人在323K,1~6MPa采用水的OPC3力场NPT后统计密度,但与实验值有较大差距,但这个力场应该是水比较好的了,是自己的NPT设置的问题么?以下是我的top及mdp,盒子的初始大小根据NIST数据库相关温度压力下计算得出。

密度拟合图.png (28.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

密度拟合图.png

OPC3.top

1.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 16

npt.mdp

2.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 10

H2O.pdb

199 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5

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发表于 Post on 2024-3-22 12:03:14 | 只看该作者 Only view this author
不明白怎么老有人自己改fourierspacing,没事别动这个

仔细阅读原文,确保非键作用、水模型的刚性设置、能量-压力色散校正、热浴压浴参数等各方面计算设置都跟OPC3原文里一样。先把原文里标况下的密度重现出来再说其它温度和压力条件的
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-25 10:16:02 | 只看该作者 Only view this author
谢谢卢老师

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