oplsaa计算扩散系数偏小，有什么办法可以改善计算的准确度吗？

dimog · 发表于 Post on 2020-12-21 11:21:13

本帖最后由 dimog 于 2020-12-31 14:28 编辑

gromacs初学者，在用oplsaa力场计算某个纯物质的扩散系数，计算结果大概是实验值的1/3-1/4之间，趋势是对的，但是数值感觉误差比较大；上传了计算过程使用的文件，想看看有木有大佬帮忙瞅一眼，是我计算的问题还是这个力场本身计算结果就会偏小。感激~

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-21 12:49:26

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“oplsaa计算扩散系数偏小的解决办法”改了，以后务必注意

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-21 12:50:40

你的问题中没有体现任何细节，诸如什么物质，mdp具体怎么设的，模拟具体怎么跑的，模型怎么建的，扩散系数怎么统计的，什么有效信息都没有，别人没法察觉到你可能的问题并回复。本身OPLS-AA力场又没有必然性扩散系数会偏小。

dimog · 发表于 Post on 2020-12-21 14:38:00

抱歉，我再详述一下问题。目的是利用OPLSAA力场计算纯环丁砜的扩散系数，环丁砜结构用高斯优化的，在网站上生成的pdb和top文件。计算温度303，313，323，333K，边长2A的立方体盒子，50个环丁砜分子；先控温，基本达到了要求的温度；然后控压到1个大气压，最后压力在10到-10bar之间波动，每次控制结果不太一样，控压控温时间都在1ns；最后开始NVT平衡模拟5ns（NPT平衡也试过），得到的结果直接用gmx msd -f md.xtc -s md.tpr -o TMS.xvg提取扩散系数，同时也把数据导出计算了一下中间段斜率的1/6，得到的扩散系数基本和gmx给的一致，但是比实验值和参考文献值要小不少，大概是文献值1/3-1/4的样子；不知道是计算过程有问题还是力场参数问题。因为有要求必须用oplsaa力场计算，且暂时没有发现计算过程报错，所以想请教如何提高计算准确度？感谢大家不吝赐教

dimog · 发表于 Post on 2020-12-31 11:16:37

自己顶一下，刚刚上传了计算过程文件，求老师们看看是否是我计算的问题

ocbrother · 发表于 Post on 2020-12-31 16:22:24

dimog 发表于 2020-12-31 11:16
自己顶一下，刚刚上传了计算过程文件，求老师们看看是否是我计算的问题

我之前用MS计算了水的自扩散系数，重复了很多次，计算值大概是实验值的两倍。把控温控压，MD时间，力场，非键相互作用计算方式基本都进行了一定的调试。
我感觉差的比较大的话，多半是力场的问题。

bobosiji · 发表于 Post on 2021-1-1 09:35:36

ocbrother 发表于 2020-12-31 16:22
我之前用MS计算了水的自扩散系数，重复了很多次，计算值大概是实验值的两倍。把控温控压，MD时间，力场， ...

什么水模型？tip3p的扩散率确实是实验值的两倍多，5.5

ocbrother · 发表于 Post on 2021-1-1 13:56:13

bobosiji 发表于 2021-1-1 09:35
什么水模型？tip3p的扩散率确实是实验值的两倍多，5.5

COMPASS力场的水分子是SPC模型，SPC算水的扩散系数确实是实验值的两倍左右。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] oplsaa计算扩散系数偏小，有什么办法可以改善计算的准确度吗？