求助GROMACS中top文件的写法问题

txh · 发表于 Post on 2021-1-3 20:13:17

我是用lammps计算得到的dump文件后，想进行一下空间分布函数的计算。但是需要借助GROMACS，其中这是计算水的top文件，是能够计算出结果的。现在我准备计算离子液体的，把离子液体的阳离子分成了A B两个质心，然后阴离子是C，总共分成三部分。然后我就改了mass那一栏，发现计算不出结果，还是需要改其他信息吗？另外 bondtype的1 2 1 1 1是什么意思啊？请各位老师指点一下

txh · 发表于 Post on 2021-1-3 20:14:35

是bond的1 2 1 1 1，写错了

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-1-4 04:17:03

https://manual.gromacs.org/docum ... y-file-formats.html
12111对应
bond bonds [4], [5] 2 1 b0 (nm); kb (kJ mol−1nm−2 all
原子1/2之间用1号函数b0和kb都是1

txh · 发表于 Post on 2021-1-4 16:14:32

是不是能用gmx pdb2gmx 这个命令自动生成top文件阿？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-5 13:40:12

获得空间分布函数直接用VMD的插件就完了，没必要刻意用gromacs的工具，而且VMD的volmap插件还支持平滑化

txh · 发表于 Post on 2021-1-7 09:03:55

谢谢老师回复

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