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[xtb] 求助xtb并行设置问题

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楼主
xtb可以用OMP并行设置。使用xtb --help得到并行设置如下:
export MKL_NUM_THREADS=<NCORE>
export OMP_THREAD_LIMIT=<NCORE>
export OMP_NUM_THREADS=${OMP_THREAD_LIMIT},1
export OMP_STACKSIZE=500m
ulimit -s unlimited


社长博文http://sobereva.com/421中设置如下:
export OMP_NUM_THREADS=N
export MKL_NUM_THREADS=N
export OMP_STACKSIZE=1000m
ulimit -s unlimited

问题一:两种设置是否等效?

问题二:xtb计算有效利用内存?
使用2核,4G电脑测试计算。
使用如下设置:
export OMP_NUM_THREADS=2
export MKL_NUM_THREADS=2
export OMP_STACKSIZE=1000m
ulimit -s unlimited
使用xtb进行opt+freq计算,内存利用率整个过程不超过4%。内存利用率不高,是不是设置有问题?

问题三:OMP_STACKSIZE设置多大合理?
如16核,64G电脑,OMP_STACKSIZE设置多大合理?



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发表于 Post on 2019-6-17 20:47:01 | 只看该作者 Only view this author
1 一样

2 无问题,本来就耗不了那么大内存,仔细看
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html

3 能跑就行了,设再大也没用。跑不了再尝试增大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-17 22:47:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-17 20:47
1 一样

2 无问题,本来就耗不了那么大内存,仔细看

谢谢!

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发表于 Post on 2021-1-8 20:19:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-17 20:47
1 一样

2 无问题,本来就耗不了那么大内存,仔细看

export OMP_NUM_THREADS=${OMP_THREAD_LIMIT},1
老师,这句的意思是omp线程在1-N之间还是,就是N啊。我试了下好像这样还是N

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