我用的是GB model小分子跑出蛋白外面并离开了很远

tbw@zyc

如图这个问题怎么解决呢？file:///C:\Users\john\AppData\Roaming\Tencent\Users\277639007\QQ\WinTemp\RichOle\D%0MSM5INTV5`(0%38`PE`B.pngfile:///C:\Users\john\AppData\Roaming\Tencent\Users\277639007\QQ\WinTemp\RichOle\D%0MSM5INTV5`(0%38`PE`B.pngfile:///C:\Users\john\AppData\Roaming\Tencent\Users\277639007\QQ\WinTemp\RichOle\D%0MSM5INTV5`(0%38`PE`B.png
以下是我的参数
Stage 0 - minimisation of complex in GB model with fully unrestrained conditions
&cntrl
  imin=1, maxcyc=1000, ncyc=500,
  cut=999., rgbmax=999.,igb=8, ntb=0,
  ntpr=100
/
END


Stage 1 heating of complex 0 to 325K
&cntrl
  imin=0, irest=0, ntx=1,
  nstlim=100000, dt=0.0005,
  ntc=2, ntf=2,
  ntt=3,  gamma_ln = 2.0,
  tempi=0.0, temp0=325.0,
  ntpr=50, ntwx=50,
  ntb=0, igb=8, ioutfm=1, ig=-1, iwrap=0,nscm=1,   ntwr=500,
  cut=999.,rgbmax=999.
/
END


Stage 3 equilibration
&cntrl
  imin=0, irest=1, ntx=5,
  nstlim=2500000, dt=0.002,
  ntc=2, ntf=2,
  ntt=3,  gamma_ln = 2.0,
  tempi=325.0, temp0=325.0,
  ntpr=500, ntwx=500,
  ntb=0, igb=8, ig=-1, iwrap=0,nscm=1,ntxo=2, ntwr=1000, ioutfm=1,
  cut=999.,rgbmax=999.
/
END

sobereva

光从图上不好说，应该观看轨迹，看看到底小分子是怎么离开蛋白的，是自发跑出去了还是怎么回事。
运行参数没明显问题，如果小分子就是莫名其妙自发跑出去，多半是力场有问题。

tbw@zyc

看了轨迹是自发慢慢跑出去的，用的是ff14sb gaff 立场，tleap过程中 发现有0.00002的电荷布能中和，
还有我怀疑是不是我的heating阶段出现的“突刺”-------导致了这样的结果。

sobereva

不是那个电荷问题。而且没用PBC，也不需要中和。

估计还是力场设定可能有疏漏。也可以先用显式水模型跑跑看。

smutao

GB溶剂模型和explicit water模型差距很大 后者的情况里面水会防止底物逃逸出去

tbw@zyc

我也想过，可是在显水下计算蛋白折叠部分会是GB好几倍的计算时间，
还有升温阶段的突刺是什么现象，实在理解不了为什么存在比预设温度偏很高的点，这个是计算的偏差可以忽略吗？

sobereva

tbw@zyc 发表于 2015-11-13 09:41
我也想过，可是在显水下计算蛋白折叠部分会是GB好几倍的计算时间，
还有升温阶段的突刺是什么现象，实在理 ...

可以尝试其它热浴。
可能只是很偶然的数值问题，原因不好说，但如果轨迹依然是连续的可以不用管它。

tbw@zyc

虽然理解不了，可是大概知道是什么原因里 应该是热浴的的原因NTT=3 因为我换里不同的igb 都会出现这些突刺所以也不是偶然出现，
谢谢Sob的解答