请问大家如何使用gromacs进行隐式溶剂模型的模拟呀？

BBBcf

各位如题奥，我在跑一段100 aa. 左右的蛋白质模拟，想用隐式溶剂模型，但是进行能量极小化的时候报错惹

steep.mdp设置如下：
; steep.mdp
integrator                = steep               
emtol                = 500.0            
emstep              = 0.01              
nsteps                = 50000                 
nstlist                 = 10                
cutoff-scheme     = Verlet
rlist                         = 1.2                    
coulombtype         = PME       
rcoulomb                 = 1.2               
vdwtype             = cutoff
vdw-modifier       = force-switch
rvdw-switch        = 1.0
rvdw                         = 1.2               
pbc                    = xyz                     
DispCorr             = EnerPres
;
constraints = none
implicit_solvent = GBSA
gb-algorithm = OBC
rgbradii = 1.2
gb-epsilon-solvent = 80


但是报如下错误：
Command line:
  gmx grompp -f steep.mdp -c nw.gro -p topol.top -o steep.tpr

Ignoring obsolete mdp entry 'gb-algorithm'
Ignoring obsolete mdp entry 'rgbradii'
Ignoring obsolete mdp entry 'gb-epsilon-solvent'

ERROR 1 [file steep.mdp, line 24]:
  Invalid enum 'GBSA' for variable implicit-solvent, using 'no'
  Next time use one of: 'no'


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Program:     gmx grompp, version 2020.4-MODIFIED
Source file: src/gromacs/fileio/readinp.cpp (line 245)

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

从ERROR信息来看似乎2020的gmx不再支持隐式溶剂模型了吗...还是我的用法有问题呀？期待大佬解答！！！

liuyuje714

2019版本开始就已经把隐式溶剂剁了，你要用只能使用2018和之前版本的gromacs

BBBcf

liuyuje714 发表于 2021-1-11 17:38
2019版本开始就已经把隐式溶剂剁了，你要用只能使用2018和之前版本的gromacs

天呐，没想到那么早就砍掉惹！还是谢谢大佬解答～

sobereva

GB模型跑蛋白质动力学很容易被质疑，而且gmx的GB模型支持的也都是比较老的，不建议你尝试折腾这个。真要想用GB模型的话建议你用amber，支持较新也更好的GB模型，而且GPU加速跑GB模型的动力学很快。

BBBcf

sobereva 发表于 2021-1-12 07:38
GB模型跑蛋白质动力学很容易被质疑，而且gmx的GB模型支持的也都是比较老的，不建议你尝试折腾这个。真要想 ...

嗯嗯，多谢老师解答，我试试用amber跑