求助：粗粒化模拟中发现蛋白质无法达到指定位置

xkw0519 · 发表于 Post on 2025-3-13 16:33:07

大家好，我做粗粒化模拟的时候遇到了一些问题。我在top文件里给两个蛋白质之间增加了pairs和bonds，在运行模拟以后两个蛋白质就会结合在一起。
我遇到的问题是大约65%的轨迹在15ns左右两个蛋白质就结合在一起了，但是还有约35%的轨迹即使运行超过200ns也只能看见没有约束的的蛋白在中间位置不停的摆动，无法结合到另一个蛋白质上，请问大家遇到过类似的问题吗，有没有什么解决方法
gromacs版本2018.1

student0618 · 发表于 Post on 2025-3-13 19:22:39

本帖最后由 student0618 于 2025-3-13 20:56 编辑

是不是周期性边界问题？ trjconv pbc试试pbc cluster?

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[GROMACS] 求助：粗粒化模拟中发现蛋白质无法达到指定位置

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