懒人脚本计算使用的gjf文件需要修改关键词么

二饼妹 · 发表于 Post on 2021-1-27 23:04:34

想要使用这篇文章中http://sobereva.com/476的懒人脚本计算RESP电荷，如图是我用gview画的氯化胆碱，直接保存的gjf，想问一下用懒人脚本计算，gjf文件中的关键词需要修改么？
%chk=chcl.chk
# hf/3-21g geom=connectivity

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C                -4.89485081 1.54804268 0.00000000
H                -5.28340081 2.59469768 0.00000000
H                -5.28341681 1.02384168 -0.90591200
H                -5.28674681 1.02568068 0.90578800
C                -2.84763681 0.13141568 -0.03454800
C                -2.84801081 2.28844168 1.20842200
H                -1.73149581 0.13674368 -0.06053600
H                -3.17730381 -0.43349732 0.87050700
H                -3.22233581 -0.40292732 -0.94038700
H                -3.17831681 1.78900568 2.15098600
H                -1.73186481 2.30791268 1.19124900
H                -3.22253381 3.34017968 1.21597100
C                -2.89701631 2.27819114 -1.26667012
H                -1.82723662 2.28922602 -1.28536915
H                -3.26366230 1.76939365 -2.13361639
C                -3.42523685 3.72474536 -1.25867263
H                -4.49501945 3.71371004 -1.24014095
H                -3.05872624 4.23349318 -0.39163998
N                -3.38078281 1.54804268 0.00000000
O                -2.97584027 4.40280653 -2.43475757
H                -3.30657014 5.30403067 -2.43118115
Cl             -1.15387071 4.95537179 -3.57956620

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牧生 · 发表于 Post on 2021-1-28 09:59:04

我觉得离子不用去计算吧。。

懒人脚本，直接用pdb都可以算的啊。不用那么复杂

lyj714 · 发表于 Post on 2021-1-28 10:24:32

本帖最后由 lyj714 于 2021-1-28 10:26 编辑

懒人脚本: 我管你啥关键词，我只管坐标，要改关键词就修改我

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-28 10:41:42

Multiwfn的懒人RESP脚本只从输入文件里读坐标，对于gjf也同样如此，关键词直接无视

你这种体系应当对胆碱阳离子部分单独算RESP电荷，而不是带着氯离子一起算，因为模拟过程中Cl-会自发游离。
记住只有通过化学键维持连接关系的部分才适合作为一个整体来计算RESP电荷。

二饼妹 · 发表于 Post on 2021-2-4 10:08:29

本帖最后由二饼妹于 2021-2-4 10:11 编辑

sobereva 发表于 2021-1-28 10:41
Multiwfn的懒人RESP脚本只从输入文件里读坐标，对于gjf也同样如此，关键词直接无视

你这种体系应当对胆 ...

老师你好，这是我看的一篇文献中他计算RESP电荷进行分子动力学模拟的方法，看他的意思好像是将1个氯化胆碱和2个氢键供体分子（HBD）一起算RESP电荷（有文献将一起算和单个分子算进行了比对，应该是一起算模拟效果更好），我试着按照他的做法把分子画在一起，之后交给懒人脚本RESP.sh计算，结果一直算了十几个小时都没完，请问这种情况应该怎么做呢？图1是文献中的说法，图2是他计算出来的电荷，分子带了负电，附件是我画的gjf文件，氯化胆碱+甘油

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-4 15:56:51

二饼妹发表于 2021-2-4 10:08
老师你好，这是我看的一篇文献中他计算RESP电荷进行分子动力学模拟的方法，看他的意思好像是将1个氯化胆 ...

显然不应当一起算RESP电荷，这从基本原理上就知道。分子之间相对位置在MD过程中都会发生显著变化，放到一起算根本逻辑上就是大错特错。不要盲目效仿文献

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