VMD绘制Gromacs spatial文件空间分布函数

ShTa · 发表于 Post on 2021-2-18 00:31:10

大家好，

我最近使用gromacs spatial 2018计算空间分布函数，最终出得图很奇怪，不是像shell形状的结果。
理想中的图如老师之前发的样子，如下图，根据该图我计算了50ns的空间分布函数，command '... -nab 500 -bin 0.1 -b 50000 -e 100000'

接着我选择所有sdf的组原子，isovalue 0.001，结果如下图

不知道是否有解决的办法或者意见呢能够作出shell形状的sdf图

先谢过大家了！！

ShTa · 发表于 Post on 2021-2-18 00:41:03

如图

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-18 09:52:22

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

如果统计的帧数不是非常多，不要把-bin设得那么小

另外建议你先跑个水的sdf和我幻灯片里的对照，确认基本操作无误

ShTa · 发表于 Post on 2021-2-18 17:24:51

谢谢老师，我增加到1到3试试

实在抱歉因为当时发帖是说超过了字符限制想着回来回帖

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[GROMACS] VMD绘制Gromacs spatial文件空间分布函数