trjconv处理-出现原子数不相符问题

科研小白123 · 发表于 Post on 2021-2-20 15:08:51

有一问题请教一下老师们，模拟保存轨迹时选择的nowater，一共应有9544原子。但错误提示却说9545原子。生成index文件仔细检查了，nowater确实是9544。请老师指点一下。感激！

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-20 15:15:44

注意有的地方原子序号从0开始有的而从1开始

科研小白123 · 发表于 Post on 2021-2-20 15:30:33

sobereva 发表于 2021-2-20 15:15
注意有的地方原子序号从0开始有的而从1开始

卢老师，我刚刚马上去检查了。这个体系最原始的pdb文件以及拓扑文件的原子序号都是从1开始的。

科研小白123 · 发表于 Post on 2021-2-20 15:32:32

sobereva 发表于 2021-2-20 15:15
注意有的地方原子序号从0开始有的而从1开始

位置限制预平衡100ps保存的是整个体系，修正这100ps时，没有出现这个原子数不符的错误提示。

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[GROMACS] trjconv处理-出现原子数不相符问题