Dalton计算四聚体的磷光性质报错求助

stephenmessi

各位老师好，我用dalton计算四聚体的磷光性质，.dal文件如下：
**DALTON INPUT
.RUN RESPONS
**INTEGRALS
.MNF-SO
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYP
*SCF INPUT
**RESPONS
*QUADRATIC
.MNFPHO
.PRINT
3
.ROOTS
3
**END OF INPUT
运行了一段时间后，.out文件中出现以下信息：  
                  *****************************************

                    *** DFT response calculation (TD-DFT) ***
                    *****************************************

Linear response excitations for quadratic response
- symmetry of excitation operator    1  ( A  )
- is the operator a triplet operator ?     T

Perturbation symmetry.     KSYMOP:       1
Perturbation spin symmetry.TRPLET:       T
Orbital variables.         KZWOPT:  464256
Configuration variables.   KZCONF:       0
Total number of variables. KZVAR :  464256
  IN QRPPVE: MAXRM               600
  IN QRPPVE: LWRK ,LWRK1    51325149    50243349
  IN QRPPVE: THCPP        1.00000000000000002E-003

<<< EXCITATION ENERGIES AND TRANSITION MOMENT CALCULATION (MCTDHF) >>>
Operator symmetry = 1  ( A  ); triplet =   T

** RSPCTL MICROITERATION NUMBER    1
MEMGET ERROR, insufficient free space for next allocation
               ( Need:   7873214, available (LFREE):   4572759 )

QTRACE dump of internal trace stack
========================
      level    module
========================
         15    MEMGET2     
         14    HER_PARDRV  
         13    PARDRV      
         12    HRFCK1      
         11    HERFCK      
         10    SIRFCK      
          9    RSPOLI      
          8    RSPELI      
          7    RSPCTL      
          6    QRPPVE      
          5    QRVEC      
          4    QRCALC      
          3    RSPDRV      
          2    DALTON      
          1    DALTON main
========================

  --- SEVERE ERROR, PROGRAM WILL BE ABORTED ---
     Date and time (Linux)  : Tue Apr 16 15:09:20 2019
     Host name              : jiewei5                                 
@ MPI MASTER, node no.:     0
@ Reason: MEMGET ERROR, insufficient work space in memory
>>>> Total CPU  time used in DALTON:  16 hours  8 minutes 24 seconds
>>>> Total wall time used in DALTON:  16 hours 10 minutes 31 seconds

QTRACE dump of internal trace stack
========================
      level    module
========================
         15    MEMGET2     
         14    HER_PARDRV  
         13    PARDRV      
         12    HRFCK1      
         11    HERFCK      
         10    SIRFCK      
          9    RSPOLI      
          8    RSPELI      
          7    RSPCTL      
          6    QRPPVE      
          5    QRVEC      
          4    QRCALC      
          3    RSPDRV      
          2    DALTON      
          1    DALTON main
========================
各位老师，想问一下这种内存不够的情况在dalton当中应该怎样解决，非常感谢。

sobereva

用-mb选项设大内存再试

小范范1989

insufficient work space in memory

我记得是在你的提交脚本文件中天界dalton -mb 3000 -N试试，后面具体的我忘了。你google一下。我记得有

stephenmessi

好的，谢谢老师解答

abin

如果没有记错，
.MNF-SO需要搭配全电子基组。
如果涉及较重的原子，情况就比较糟糕。

可以试试采用.ECPHOS搭配ECP基组。
或者，减小并行核心数目，调整每个线程的内存设定。

直接运行dalton -h就可以看到设置信息。

Kalinite

sobereva 发表于 2019-4-17 17:40
用-mb选项设大内存再试

sob老师您好，我也遇到了这样的问题，但是设置-mb似乎没用，我投任务的脚本是这样的：

1. #!/bin/sh
   
2. #$ -S /bin/sh
   
3. #$ -N test
   
4. #$ -j y
   
5. #$ -o ./
   
6. #$ -e ./
   
7. #$ -cwd
   
8. #$ -pe thread 28-28
   
9. #$ -q chem.q
   
10. 
    
11. source ~/.bashrc
    
12. hash -r
    
13. export path=$TMPDIR:$path
    
14. 
    
15. #/usr/local/2015/openmpi2.1.1.i15/bin/mpirun  --mca plm_rsh_agent rsh --bind-to socket -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines /usr/local/2015/lammps-16Mar18/src/lmp_icc_openmpi < in.data
    
16. export OMP_NUM_THREADS=1
    
17. export DALTON=/usr/local/dalton/dalton
    
18. export PATH=$PATH:$DALTON
    
19. export DALTON_TMPDIR=$HOME/daltontmp
    
20. export DALTON_LAUNTHER="mpirun -np -28"
    
21. dalton -N 28 -mb 50000 -ow test test

复制代码

之前报错后改为了-mb 50000，但是发现每次报错时，总的临时文件大总是566M，也没有达到设定的上限。后来注意到每次投任务脚本时都会报一个不影响计算任务执行的错：

1. DALTON: WRKMEM conversion error; WRKMEM = "12800000000 "
   
2. DALTON: read as LMWORK = 0
   
3. 
   
4. DALTON: default work memory size used. 64000000
   
5. 
   
6. DALTON: master work memory size also used for slaves. 64000000
   
7. 
   
8. Work memory size (LMWORK+2): 64000002 = 488.28 megabytes; node 0
   
9. 
   
10. 0: Directories for basis set searches:
    
11. /gpfsdata1/chem/mfang/xjw/olpl/ppt/dimer2/risc42:/usr/local/dalton/dalton/basis
    
12. 
    
13. Work memory size (LMWORK+2): 64000002 = 488.28 megabytes; node 1
    
14. Same work memory size for all 27 slaves.

复制代码

这看上去的意思好像是-mb指定的work memory没有生效，仍然使用了默认设置。不知道是为什么。
手册上说INSTALL_WRKMEM是要在安装时就设定的，如果要改是不是要重装呢。