气相下模拟主-客体包合物的md参数文件的设置是否合理？

xiaos · 发表于 Post on 2021-2-26 10:47:55

各位老师好，根据研究体系的需求，想要对比一下水溶液下和气相下主客体分子动力学性质的差异，所以需要对其在气相环境下执行MD，但参数设置部分存在一些疑问（mdp文件见截图），不知道参数设置是否合理，有不合理的地方还请各位老师能够给予指点，非常感谢各位老师！

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-26 12:21:40

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“气相下模拟主-客体包合物的md参数文件的设置”改了，以后务必注意

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-26 12:27:39

每个mdp对应什么情况（气相还是水中）都应当交代清楚
退火这种非平衡情况明显不适合PR压浴
而且都不用PBC还设什么压浴，很莫名其妙
真空下模拟不要用enerpres
MD到底是干嘛的也没说清楚，本来NVT和NPT都属于MD

xiaos · 发表于 Post on 2021-2-26 13:02:46

sobereva 发表于 2021-2-26 12:27
每个mdp对应什么情况（气相还是水中）都应当交代清楚
退火这种非平衡情况明显不适合PR压浴
而且都不用PBC ...

谢谢sob的回复每个mdp都是针对气相下的模拟，NVT和NPT是预平衡

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-26 14:26:18

xiaos 发表于 2021-2-26 13:02
谢谢sob的回复每个mdp都是针对气相下的模拟，NVT和NPT是预平衡

气相下计算哪来的控压。要么当非周期性体系，要么用足够大的真空区跑NVT

xiaos · 发表于 Post on 2021-2-26 15:25:15

sobereva 发表于 2021-2-26 14:26
气相下计算哪来的控压。要么当非周期性体系，要么用足够大的真空区跑NVT

非常感谢sob老师的细心解答

xiaos · 发表于 Post on 2021-2-27 22:20:03

sobereva 发表于 2021-2-26 14:26
气相下计算哪来的控压。要么当非周期性体系，要么用足够大的真空区跑NVT

sob老师您好，请问在气相环境下使用TI法计算主客体分子的结合自由能时，是否只需要在气相的mdp文件中添加相应的自由能计算模块的参数即可？参数设定如图所示

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[GROMACS] 气相下模拟主-客体包合物的md参数文件的设置是否合理？