固体表面分子动力学模拟建模问题

nianbin · 发表于 Post on 2021-2-28 06:09:56

本帖最后由 nianbin 于 2021-2-28 06:10 编辑

各位老师好，我在想模拟塑料表面蛋白质的吸附模型，使用MS构建了单个塑料链，并且对其进行扩胞，导出pdb结构用于gmx模拟，力场采用的是amber14SB +GAFF力场.有以下几点问题：
1.构建单链的时候周围应该留出多少真空太大了会导致达不到固体表面的效果，太小了，扩胞之后的链之间会不会有影响；
2.我按照直观感觉扩胞之后的pdb在进行gmx模拟的时候提示如下报错Listed nonbonded interaction between particles 3650 and 3920
at distance 2.854 which is larger than the table limit 2.098 nm.应该如何解决。

PLA.pdb (11.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

PLA_surface.pdb (156.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

单链以及扩胞之后的结构上传到附件了，请各位大佬帮忙解答，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-28 14:11:27

1 不用管真空。这种体系建议用packmol建模（可以基于M$产生的PLA结构），要让PLA尽量堆积紧凑一些。当前PLA_surface.pdb空白区域太大，和实际明显不符。

2 先跑个单独的分子，能正常跑确认参数没问题后再跑聚集体。没有更多的关于蛋白+塑料表面的初始结构、mdp、拓扑等信息无法简单判断原因。

k64_cc · 发表于 Post on 2021-2-28 15:00:38

你工作的顺序有问题。步子迈大了容易扯到，你得一步一步来。

1. 建立高分子单链。
2. 跑NPT，得到高分子单相。
3. 在盒子的某一方向加真空层/水层，得到固液/气界面体系。
4. 在界面附近放个蛋白质分子。

另外，事实上按一般高分子的聚集度，一个盒子里只有一条链才是比较恰当的，不存在扩胞的问题。

nianbin · 发表于 Post on 2021-2-28 16:18:40

k64_cc 发表于 2021-2-28 15:00
你工作的顺序有问题。步子迈大了容易扯到，你得一步一步来。

1. 建立高分子单链。

那请问老师，我想做固体表面蛋白质的吸附，只放一条链是不是没有代表性

nianbin · 发表于 Post on 2021-2-28 16:20:08

sobereva 发表于 2021-2-28 14:11
1 不用管真空。这种体系建议用packmol建模（可以基于M$产生的PLA结构），要让PLA尽量堆积紧凑一些。当前PLA ...

卢老师，packmol可以建立这种排列整齐的固体结构么？请问您能不能提供一个输入文件的模板，谢谢

k64_cc · 发表于 Post on 2021-2-28 18:04:13

nianbin 发表于 2021-2-28 16:18
那请问老师，我想做固体表面蛋白质的吸附，只放一条链是不是没有代表性

你想想你分子聚合度多少。如果聚合度几百或者几千，那可能需要多几条链；如果聚合度几万，那一条链反而正常一点。

nianbin · 发表于 Post on 2021-2-28 18:31:25

k64_cc 发表于 2021-2-28 18:04
你想想你分子聚合度多少。如果聚合度几百或者几千，那可能需要多几条链；如果聚合度几万，那一条链反而正 ...

您是我意思是一条链来回折叠形成表面？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-2-28 20:53:39

nianbin 发表于 2021-2-28 18:31
您是我意思是一条链来回折叠形成表面？

对啊。

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