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[GROMACS] 请问在力场中如何定义氢键键能?

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是直接把比如说O和H原子的电荷代入静电势公式中,还是把两个分子LJ和Coul的作用全部加起来?

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发表于 Post on 2021-2-22 20:16:09 | 只看该作者 Only view this author
没有这种定义氢键键能的做法,此文里也提了

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-27 23:35:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-22 20:16
没有这种定义氢键键能的做法,此文里也提了

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析

再请问一下老师,那文献中所说的pair energy是什么意思呢?是怎么定义的?

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发表于 Post on 2021-2-27 23:47:31 | 只看该作者 Only view this author
向往阳光 发表于 2021-2-27 23:35
再请问一下老师,那文献中所说的pair energy是什么意思呢?是怎么定义的?

应该是把模拟体系中每一对分子间作用能都算出来,然后做个概率统计,考察不同强度作用能的出现概率
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-1 15:32:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-27 23:47
应该是把模拟体系中每一对分子间作用能都算出来,然后做个概率统计,考察不同强度作用能的出现概率

谢谢老师的回答

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