求助：Gromacs生成tpr文件时报错为组最大电荷32

a514185038 · 发表于 Post on 2020-12-2 14:50:31

求助！！！！！
搭了一个氧化石墨烯片层，用x2top命令生成了itp文件，整理好top文件等之后，然后生成能量最小化的tpr文件时报错，
报错为：

Program grompp_mpi, VERSION 4.5.4
Source code file: /data/software/gromacs-4.5.4/src/kernel/grompp.c, line: 175

Fatal error:
The largest charge group contains 2913 atoms. The maximum is 32.
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

请各位老师各位兄弟帮忙看看啥原因，这里先谢过！！！！

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-2 23:12:47

自行修改拓扑信息，让每个原子的电荷组序号与其在[atoms]里的原子序号一直就完了。
另外强烈不建议用这么老的版本，速度明显不如较新版本

a514185038 · 发表于 Post on 2020-12-3 14:44:01

万分感谢，解决了我的问题

libin093 · 发表于 Post on 2020-12-13 22:41:16

请问下楼主，氧化石墨烯中官能团的力场参数和电荷是如何确定的？

a514185038 · 发表于 Post on 2020-12-16 16:42:28

10.1016/j.desal.2017.08.013

qmlearner · 发表于 Post on 2020-12-25 10:16:21

a514185038 发表于 2020-12-16 16:42
10.1016/j.desal.2017.08.013

请问下楼主知道这篇文章中的这种模型怎么建吗？就是怎么样把GO板一定的规则排放，然后加水和一定浓度的离子呢？有什么软件可以实现吗？

a514185038 · 发表于 Post on 2020-12-26 10:41:54

自己写的程序

一条君 · 发表于 Post on 2021-2-28 00:26:31

sobereva 发表于 2020-12-2 23:12
自行修改拓扑信息，让每个原子的电荷组序号与其在[atoms]里的原子序号一直就完了。
另外强烈不建议用这么 ...

请问老师静电作用截断半径1nm，两石墨极板间的小分子溶剂与溶质的电荷组也可以让（1）每个原子的电荷组序号与其在[atoms]里的原子序号一致吗（这样是不是设置电荷组就没意义了）
；（2）报错提示是建议设置成CH3,CH2形式，要是两种精度耗时没区别，就按原子序号来了，省事，哈哈，谢谢~~

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-28 02:06:11

一条君发表于 2021-2-28 00:26
请问老师静电作用截断半径1nm，两石墨极板间的小分子溶剂与溶质的电荷组也可以让（1）每个原子的电荷组 ...

我不知道你用什么方式算的静电作用。对于PME的情况，电荷组本身完全没意义，根本用不着。

一条君 · 发表于 Post on 2021-3-1 11:25:56

sobereva 发表于 2021-2-28 02:06
我不知道你用什么方式算的静电作用。对于PME的情况，电荷组本身完全没意义，根本用不着。

静电暂时按您无限延展石墨烯讲的cut off来的，是因为石墨烯算大分子所以没用PME吗
那两无限延展石墨极板间插溶液推荐按cut off来吗? 在此帖中也有石墨烯，您好像推荐的PME，http://bbs.keinsci.com/thread-13810-1-1.html，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-1 16:05:55

一条君发表于 2021-3-1 11:25
静电暂时按您无限延展石墨烯讲的cut off来的，是因为石墨烯算大分子所以没用PME吗
那两无限延展石墨极板 ...

完全可以用PME，只不过真空区特别大的情况用PME耗时显著高于cutoff

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