求助：预平衡好的溶剂盒子密度是正确的，但是将底物导入溶剂盒子再平衡后，密度改变

哇卡卡卡卡卡

各位老师好！我现在遇到一个问题就是，我自己平衡了一个二氯甲烷的溶剂盒子，平衡后的溶剂盒子密度为1.3 g/ml左右，然后我将底物导入溶剂盒子再平衡后，我发现整个out文件中的density值变成了0.7 g/ml左右，密度发生了改变，此时并不能模拟出来底物所处的溶剂环境，不知道为什么会出现这种情况，以下是对应好的各类文件，请各位老师指导！
md1-cpu-sol.out文件：平衡二氯甲烷盒子所得到的的out文件，文件中density值为1.3左右
DCM-box.pdb文件：平衡后的二氯甲烷溶剂盒子的pdb文件
TSb2_tleap.in文件：是将底物导入平衡好的二氯甲烷溶剂盒子的tleap文件
md1-cpu.out文件：将底物导入平衡好的二氯甲烷溶剂盒子所得到的的out文件，文件中density值为0.7左右

sylar

底物多大？因为溶剂和底物密度不一样吧，放一起密度自然会变，加大溶剂盒子可能变化会小一些

哇卡卡卡卡卡

sylar 发表于 2023-1-3 10:35
底物多大？因为溶剂和底物密度不一样吧，放一起密度自然会变，加大溶剂盒子可能变化会小一些

谢谢老师的指导！底物有57个原子，含金属。我在跑平衡的时候是将底物固定的，不是很清楚，我先去加大溶剂盒子试一下

UTM

你好，我在平衡二氯甲烷的溶剂盒子的时候得到的结果溶剂盒子密度是约1.5kg/m3（气体的密度），盒子也变得很大，说明结果应该是气体（但我设置的温度和压力分别是298.15 K和1 bar，理论上来说二氯甲烷应该是液体）。请问你平衡溶剂盒子的时候遇到过这种情况吗？

UTM

还有一个问题是我下载了你的DCM-box.pdb之后用VMD打开为什么盒子和分子不重合呢？