REMD跑完做cluster聚类是用原始的轨迹和用demux.pl重新拼接后的轨迹，结果不一样？

xiaotianzhou

最近用REMD找无序蛋白的构象，跑了16个replica，温度从300K到500K。跑完MD做cluster聚类发现用原始的轨迹traj_0.xtc（300K下）和用demux.pl拼接后的轨迹（也是300K），聚类出的构象数不一样，而且占比数最多的几个构象结构也不一样。traj_0.xtc聚类出的构象数量少，demux.pl拼接后的聚类数量多出很多。按理说demux.pl只是把traj_0.xtc按时间顺序重新拼接回去了而已，聚类应该是一样的啊。有没有经验丰富的大师给指点一二你呢。多谢！

Daniel_Arndt

既然你用了demux.pl，我就可以放心地假定你用的是gromacs。你可以参考 http://www.gromacs.org/Documenta ... raham%2C_Session_1B 。你用demux.pl拼接后的轨迹肯定不是300 K。用demux.pl拼接后的轨迹如果用VMD查看的话，应该是连续的，但对应的温度肯定是波动的，可能有一段是300 K，有一段是500 K。如果你只是关心300 K下的构象的话，你应该对traj_0.xtc进行聚类。我看不出有任何理由要对demux.pl处理后的轨迹进行聚类。

另外一件事不是太相关，但你要注意。聚类的算法有好多种，你最后写成文章时，要说清楚用的是什么算法。

xiaotianzhou

Daniel_Arndt 发表于 2021-2-25 04:02
既然你用了demux.pl，我就可以放心地假定你用的是gromacs。你可以参考 http://www.gromacs.org/Documentati ...

你好。谢谢你的回答。我用的是GROMOS聚类方法。目前想用马尔可夫的模型分析轨迹，但他必须要是一段连续的轨迹，这也是为什么我要用demux的原因。现在明白了，demux后轨迹不全是300K的。

Daniel_Arndt

xiaotianzhou 发表于 2021-2-25 11:04
你好。谢谢你的回答。我用的是GROMOS聚类方法。目前想用马尔可夫的模型分析轨迹，但他必须要是一段连续的 ...

我对马尔可夫不是非常熟悉。我不清楚马尔可夫可不可以一次对多段轨迹进行分析。如果马尔可夫能够一次处理多条轨迹（其中任意一条轨迹连续，但任意两条轨迹拼接后得到的新轨迹不连续）的话，你可以根据replica_index.xvg和replica_temp.xvg把traj_0.xtc分成多条轨迹，然后处理。

上述内容仅仅是我的一个猜测。但至于值不值得花时间这么做，我不清楚。