计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10254|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:mdrun时在跑的过程中出现问题

[复制链接 Copy URL]

18

帖子

0

威望

99

eV
积分
117

Level 2 能力者

请问大家我在mdrun的时候出现了Wrote pdb files with previous and current coordinates是咋回事啊,然后底下坐标中current 那一列变得特比特别大,不太清楚咋回事啊
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
  15745  15746   95.4    0.1127 1530497664.0000      0.1120
  15746  15747   90.8    0.1126 8565341184.0000      0.1120
  15746  15748   92.2    0.1122 600528640.0000      0.1120
  15746  15749   88.1    0.1497 11481556992.0000      0.1480
  15749  15750   87.8    0.1053 8949131264.0000      0.1030
  15749  15751   93.2    0.1528 10987352064.0000      0.1500
  15749  15761   93.4    0.1551 14303539200.0000      0.1500
  15751  15752   88.7    0.1122 3590457088.0000      0.1130
  15751  15753  101.0    0.1156 2126387840.0000      0.1130
这是随意截取的一段,current 变得特别大请问各位老师是什么原因啊,之前我在修改rtp文件过程中,只把两个分子的atoms和bonds输入到rtp文件里了,其他信息没输入和这个有关系吗
希望各位老师能帮忙看一下,谢谢大家



6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-3-8 21:06:07 | 只看该作者 Only view this author
大概率是拓扑信息有问题,导致模拟异常
amber等力场的rtp的angles、dihedrals等项会自动生成(由[ bondedtypes ]决定),参考rtp里其它已有的信息。不放心的话就自行看看拓扑文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 01:33 , Processed in 0.145442 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list