大家好，
最近我重复J. Chem. Phys. 148, 024508 (2018); https://doi.org/10.1063/1.5001928 的介电谱的计算
使用的是tip4p-ew 水分子在5*5*5的周期性盒子中先进行了能量最小化 NPT平衡 后跑的1ns 的NVT
然后使用如下命令获取了矫正后的dipcorr.xvg 文件
gmx dipoles -corr total -c -f md-nvt.trr -s md-nvt.tpr 其中输出的偶极矩 e0 Epsilon = 62.9141 是符合文献的 下一步使用了gmx dielectric -f dipcorr.xvg -eps0 62.9 -ffn aexp 计算介电常数 输出的epsw 完全偏离文献值 甚至完全不合理
然后试图通过手动拟合dipcorr.xvg中前段指数衰减的部分0-10ps 用文献的Debye relaxation model公式手动计算e' 和e''
似乎的到了合理的结果 Google了 gmx dielectric 这个功能似乎没有多少人讨论过 最为含糊的是-epsRF 这个参数 不指定好像就是inf 感觉哪里不对 这个功能引用的J. Chem. Phys. 108 (1998) pp. 10220-10230 的确用的是不同的公式 附件是gmx dielectric 产生的 deriv.xvg文件 适合软件拟合的很差 不知道有没有人知道我哪里做错了吗？
deriv.xvg
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发表于 Post on 2019-3-15 03:00:22
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