求助No line with molecule type 'SOL' found the [molecule] section of file top...

胡枝子 · 发表于 Post on 2020-11-16 20:42:48

利用Gromacs做一个蛋白酶和两个配体的复合物模拟时，在添加离子过程中出现了以下错误：

No line with molecule type 'SOL' found the [molecule] section of file topol.top。

但是top文件正常，如下：
[ molecules ]
; Compound       #mols
Protein          1
ACE          1
LIG          1
SOL          11481

使用的命令是：
$gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 7

$gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral

谢谢各位大神，不胜感激！

ps: 看到有解决方案说可以手动修改top文件成正常运行后的top文件，但是gro文件会和以前不一样，不知道如何修改。

胡枝子 · 发表于 Post on 2020-11-16 22:19:33

已解决。
解决方法：
用dos2unix工具处理拓扑文件。

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-27 21:34:51

本帖最后由牧生于 2021-3-29 11:42 编辑

也遇到了一次这样的问题，但略有不同，我的报错是 No line with moleculetype 'Water' found the [ molecules ] section of file
解决办法：
将top中的SOL改成了WATER，然后就可以以替换水的方式加入抗衡离子了。。

然后替换完了，再把Water改回SOL，就可以继续下一步的EM

又遇到了一次，处理办法是dos2unix对水的itp文件进行处理，就好了

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[GROMACS] 求助No line with molecule type 'SOL' found the [molecule] section of file top...