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[Amber] 求助:在tleap过程中出现报错,缺少肽键相关的力场信息。

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本帖最后由 王少许 于 2021-3-11 15:57 编辑

建模的pdb文件中,存在两个磷酸化残基TPO和PTR,便依照Amber基础教程B5:模拟绿色荧光蛋白及构建修饰的氨基酸残基,生成了相关的frcmod1.tpo、frcmod1.ptr、frcmod2.tpo、frcmod2.ptr力场和参数文件tpo.prepin、ptr.prepin,其中frcmod文件的生成,分别指定的是pram10.dat和gaff.dat文件。
但是在tleap过程中出错:
Could not find angle parameter: O - C - NT
Could not find angle parameter: C - NT - CT
Could not find angle parameter: CX - C - NT
Could not find angle parameter: O - C - NT
** No torsion terms for  O-C-NT-CT
** No torsion terms for  CX-C-NT-CT

首先,在上述gaff.dat和pram10.dat中未找到报错的键参数,也没有相似的键可供替代,其次,报错的键均为蛋白质中的肽键,而且已经调用source leaprc.protein.ff14SB。
所以想请教一下,上述问题为什么产生?如何获得肽键参数。




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2#
发表于 Post on 2021-3-12 00:27:56 | 只看该作者 Only view this author
遇到这种事先google搜诸如parameter "O - C - NT"
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