表面吸附算完吸附能，还能算什么性质呢。

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-4-19 14:58:47

小弟，用vasp算分子在表面的吸附，吸附能算好了。不知道vasp后续还能算什么性质呢，从这些性质又能得出什么结论呢。（有些文章好像还算了mulliken之类的）

sobereva · 发表于 Post on 2016-4-19 17:02:52

可以算算原子电荷的变化，作密度差图等等，来考察电荷转移情况
还可以尝试用Multiwfn载入优化后的结构，基于promolecular方式近似做RDG分析考察相互作用特征，参见
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

jiewei · 发表于 Post on 2016-4-22 10:38:53

吸附分为化学吸附和物理吸附，不过无论是化学吸附还是物理吸附都可以从这篇文章中的分析手段和方法中得出一些相应的结论：
Revealing the interactions between pentagon–octagon–pentagon defect graphene and organic donor/acceptor molecules: a theoretical study
http://dx.doi.org/10.1039/C4CP04900D

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-4-25 14:26:33

jiewei 发表于 2016-4-22 10:38
吸附分为化学吸附和物理吸附，不过无论是化学吸附还是物理吸附都可以从这篇文章中的分析手段和方法中得出一 ...

这是你的大作啊。关于表面吸附,你有没有总结的比较好的资料。上传上来，我也学习学习啊。

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2016-4-25 15:30:50

本帖最后由我本是个娃娃于 2016-4-25 15:36 编辑

jiewei 发表于 2016-4-22 10:38
吸附分为化学吸附和物理吸附，不过无论是化学吸附还是物理吸附都可以从这篇文章中的分析手段和方法中得出一 ...

拜读你的文章，很有趣，有两个问题想请教：

1，有没有计算SW缺陷，以及只打掉一个碳原子形成的缺陷在吸附有机化合物形成的构型的性质？
2，吸附其他原子，例如过渡金属，形成的体系的性质如何？

PS：文章讨论了能带和静电势等，不知道这样的体系能不能算作半导体……

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-4-25 19:28:52

jiewei 发表于 2016-4-22 10:38
吸附分为化学吸附和物理吸附，不过无论是化学吸附还是物理吸附都可以从这篇文章中的分析手段和方法中得出一 ...

吸附后算HOMO,LUMO能级这个对于VASP应该计算哪一种性质啊。。

jiewei · 发表于 Post on 2016-4-26 09:47:11

liu_tiao 发表于 2016-4-25 19:28
吸附后算HOMO,LUMO能级这个对于VASP应该计算哪一种性质啊。。

对于周期体系，确切的说是没有HOMO/LUMO一说的，你可以参见Instantaneous Generation of Charge-Separated State on TiO2 Surface Sensitized with Plasmonic Nanoparticles这篇文章，还有这个网址：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=65

jiewei · 发表于 Post on 2016-4-26 09:47:58

我本是个娃娃发表于 2016-4-25 15:30
拜读你的文章，很有趣，有两个问题想请教：

1，有没有计算SW缺陷，以及只打掉一个碳原子形成的缺陷在 ...

1：见文章引用里面 nanoscale那篇
2：还是见文章引用里面关于pt的那篇

jiewei · 发表于 Post on 2016-4-26 09:48:34

我本是个娃娃发表于 2016-4-25 15:30
拜读你的文章，很有趣，有两个问题想请教：

1，有没有计算SW缺陷，以及只打掉一个碳原子形成的缺陷在 ...

关于ps
文章没有讨论静电势，文章已经说了有些是金属体系，只有F4TCNQ的才是半导体

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2016-4-26 10:00:35

jiewei 发表于 2016-4-26 09:47
1：见文章引用里面 nanoscale那篇
2：还是见文章引用里面关于pt的那篇

是我读文章不细致，不求甚解，不好意思

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-4-26 14:09:03

liu_tiao 发表于 2016-4-25 19:28
吸附后算HOMO,LUMO能级这个对于VASP应该计算哪一种性质啊。。

晶体虽没有HOMO/LUMO，但是有HOCO/LUCO，然而晶体轨道（CO）并不是常规所使用的Bloch表象下的表示，需要Fourier transform到Wannier表象下才能够得到（有个Periodic NBO的程序大体上也是先做了这么个事）。

Bloch表象下，周期体系的能级展宽成带（不同的k），不存在能级却可以看能带，不同k或者能带的电子和空穴的分布可以看band decomposed charge density，亦或是通过http://muchong.com/html/201407/7641098.html上提供的程序来做特定k的波函数分布，原理他也写的很清楚了http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1787325。

不过，在计算这些性质之前，我倒是觉得你应该想想到底要通过计算说明什么，最好盲目不要堆积一些计算结果。除非吸附之后有一些非常特殊的性质，一般吸附更多还是对吸附的方式、相互作用讨论偏多。

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-4-27 14:59:57

本帖最后由 liu_tiao 于 2016-4-27 15:05 编辑

sobereva 发表于 2016-4-19 17:02
可以算算原子电荷的变化，作密度差图等等，来考察电荷转移情况
还可以尝试用Multiwfn载入优化后的结构，基 ...

想请问一下您。如果一种基团依次取代在芳香环（环上有杂原子）的不同位置，可不可以通过计算什么性质来看看，这种基团在不同取代位置的影响呢。比如依次计算不同取代位置的电荷密度之类的。。。这种重点关注芳香环上的杂原子性质。

sobereva · 发表于 Post on 2016-4-28 03:56:05

liu_tiao 发表于 2016-4-27 14:59
想请问一下您。如果一种基团依次取代在芳香环（环上有杂原子）的不同位置，可不可以通过计算什么 ...

最简单做法，算算带有不同基团时候的原子电荷就行了。也可以再考察简缩福井函数，垂直于环的p轨道的布居数，或者环上方比如1Bohr处的电子密度，或者环上方分子表面上的静电势、平均局部离子化能等。都可以用Multiwfn容易地实现。

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-4-29 19:19:59

卡开发发发表于 2016-4-26 14:09
晶体虽没有HOMO/LUMO，但是有HOCO/LUCO，然而晶体轨道（CO）并不是常规所使用的Bloch表象下的表示，需要F ...

有一篇文章，算了分子的HOMO/LUMO，和催化剂团簇的HOMO/LUMO。然后初步判断吸附过程中是通过，电子给体受体发生相互作用，来进行化学吸附的。并且判断了电子是分子流向催化剂团簇。不知道VASP能不能也这样初步进行判断~

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-4-29 21:13:53

liu_tiao 发表于 2016-4-29 19:19
有一篇文章，算了分子的HOMO/LUMO，和催化剂团簇的HOMO/LUMO。然后初步判断吸附过程中是通过，电 ...

如果电荷转移的前置过程是吸附的话，我觉得差分电荷岂不是很好？

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[VASP] 表面吸附算完吸附能，还能算什么性质呢。

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