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[CP2K] 在利用cp2k练习cp2k官网提供的练习时出现Cholesky decomposition failed报错

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本帖最后由 心羽1971411 于 2021-3-14 09:11 编辑

      各位好,为了计算熔盐体系Raman光谱,我刚刚开始学习cp2k,编译后的cp2k在运行社长“CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法一文中提供的测试案例时没有问题。但是在练习官网上提供的“How to calculate vibrational spectra from AIMD with CP2K and TRAVIS (Updated 2018)”时,总是报"Cholesky decomposition failed"错误,我使用的输入文件为官网上下载的输入文件,即下文的a2.txt,得到的输出文件为a2.out,我输入的指令为mpirun --allow-run-as-root -np 12 cp2k.popt a2.txt |tee a2.out ,请问这个是不是我输入的问题?应该如何解决?     另外我上传了我虚拟机的设置截图,How to calculate vibrational spectra from AIMD with CP2K and TRAVIS 教程内讲光谱计算动不动就要好几周,请问我这样设置虚拟机能够计算熔盐光谱吗?      昨天因为附件中因为没有包含被include的文件,今个添加了此文件。

3.PNG (19.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

centos8

centos8

2.PNG (56.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

电脑主机

电脑主机

1.PNG (17.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

1.PNG

a2.out

14.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

a2.txt

1.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 18

a1.txt

11.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 17

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发表于 Post on 2021-3-14 02:49:02 | 只看该作者 Only view this author
被include的文件也不给,别人都没法给你测试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-14 09:13:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-14 02:49
被include的文件也不给,别人都没法给你测试

老师,我添加了被include的文件,不知这样还缺不缺文件?

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发表于 Post on 2021-3-15 04:23:59 | 只看该作者 Only view this author
我这里跑了几步,没任何问题


用的是下文编译的popt版,CP2K 8.1,系统CentOS 8 Stream
CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
http://sobereva.com/586http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-17 10:31:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-15 04:23
我这里跑了几步,没任何问题

老师,我又重新运行了几次,可是还是报错。系统是在vmware上安装的centos8.3,使用的cp2k8.1,编译过程是按照您上文的帖子编译的。输入、输出文件以及我在终端输入的指令如下截图和附件。老师请问这是为什么?

2.PNG (30.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

2.PNG

终端.PNG (102.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

终端.PNG

a2.txt

1.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

输入文件

a2.out

14.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

输出文件

a1.txt

11.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

被include文件

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发表于 Post on 2021-3-18 05:23:43 | 只看该作者 Only view this author
心羽1971411 发表于 2021-3-17 10:31
老师,我又重新运行了几次,可是还是报错。系统是在vmware上安装的centos8.3,使用的cp2k8.1,编译过程是 ...

跑此文里Multiwfn创建的各种CP2K输入文件有无问题?
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html

官方预编译版跑有无问题?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 14:43:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-18 05:23
跑此文里Multiwfn创建的各种CP2K输入文件有无问题?
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
ht ...

老师,我使用cp2k.popt测试了Multiwfn的文件,可以运行;在使用cp2k.ssmp运行我上面发的输入文件时可以运行,但是使用cp2k.popt计算时还是报Cholesky decomposition failed.Matrix ill conditioned?

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发表于 Post on 2021-3-19 14:45:41 | 只看该作者 Only view this author
心羽1971411 发表于 2021-3-19 14:43
老师,我使用cp2k.popt测试了Multiwfn的文件,可以运行;在使用cp2k.ssmp运行我上面发的输入文件时可以运 ...

干脆直接用Multiwfn生成一个CP2K跑动力学的输入文件,甭用教程提供的。我这里没法重复出你的问题也没法给你具体说。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 15:37:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 14:45
干脆直接用Multiwfn生成一个CP2K跑动力学的输入文件,甭用教程提供的。我这里没法重复出你的问题也没法给 ...

好的,谢谢老师。

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