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[CP2K] 求助:使用toolchain编译时elpa出现错误

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本帖最后由 Akaiconan 于 2021-3-19 17:43 编辑

各位好,我在centos8 stream上利用toolchain自动编译安装CP2K-8.1时,elpa库出现报错,并且build文件夹中的elpa文件夹并没有给出任何类似于.config.log的文件,向各位求助。安装过程参照的是sob君的教程
  • 以下是安装时给出的报错信息:

elpa-2020.05.001.tar.gz is found
Installing from scratch into /akaiconan/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/elpa-2020.05.001
./scripts/install_elpa.sh: line 67: patch: command not found
ERROR: (./scripts/install_elpa.sh, line 67) Non-zero exit code detected.

  • install_elpa.sh中第67行:
  • 67 patch-p1 < "${patch}"

  • /../build/elpa-2020.05.001中的文件名如下:
aclocal.m4    config.h.in      COPYING      elpa.pc.in            install-sh   Makefile.in  py-compile        test                 test_project_C
ar-lib        config.sub       depcomp      elpa.spec             LICENSE      man          python            test-driver          USERS_GUIDE_DEPRECATED_LEGACY_API.md
Changelog     configure        Doxyfile.in  fdep                  ltmain.sh    manual_cpp   README.md         test_programs.am     USERS_GUIDE.md
compile       configure.ac     doxygen.am   generated_headers.am  m4           missing      remove_xcompiler  test_project_1stage
config.guess  CONTRIBUTING.md  elpa         INSTALL.md            Makefile.am  nvcc_wrap    src               test_project_2stage









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发表于 Post on 2021-3-18 14:12:30 | 只看该作者 Only view this author
我都想骂人了.

工作站语言环境弄成中文, 真是恶心.

第二,
你看不懂中文吗?
./scripts/install_elpa.sh:行67: patch: 未找到命令
错误在这里, 你不认识字吗?

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发表于 Post on 2021-3-18 14:22:20 | 只看该作者 Only view this author
如果你自己网络正常,
我指的是访问github不会断线,
有更好的方案获取toolchain, 感兴趣可以联系我,
方案有偿提供, 比如请我喝杯饮料之类的.
注意, 我提供方案, 不负责实施.

如果网络不行,
我有编译好的版本, 有偿提供.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-18 15:02:58 | 只看该作者 Only view this author
中文英文先放一边,首先我是一个小白,基础知识还不牢靠,很多时候都是后知后觉。我在自己电脑和课题组工作站上运用的是同样的安装方法,结果自己电脑上elpa没有报错,工作站上的报错了,找了很多教程,也重装了几次,发现总是这个错误才来问的。

这是我第一次发帖,好像有的信息写的不够具体。我比对了两个电脑上的./scripts/install_elpa.sh的第67行,两者都是patch -p1 < "${patch}"
但结果不相同,我自己就迷惑了。我也不想当伸手党,所以望大神给个明确的指导。
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发表于 Post on 2021-3-18 15:24:46 | 只看该作者 Only view this author
Akaiconan 发表于 2021-3-18 15:02
中文英文先放一边,首先我是一个小白,基础知识还不牢靠,很多时候都是后知后觉。我在自己电脑和课题组工作 ...

目前未曾遇到过系统语言或版本造成的无法解决问题,所以不做评价
patch 是一个常用的系统命令,“未找到命令” 就是没有安装或者未配置环境变量
一般可以联网的 centos 7.x 系统下 yum install patch 就行,不清楚 8 系列是否还能 yum,或许需要 dnf install patch
以上操作需要 root

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-18 15:52:35 | 只看该作者 Only view this author
highlight 发表于 2021-3-18 15:24
目前未曾遇到过系统语言或版本造成的无法解决问题,所以不做评价
patch 是一个常用的系统命令,“未找到 ...

十分感谢,首先表明问题已解决。其次是问题出现的原因是我受到了命令理解的影响。我以为的是path告诉我有某个命令没找到,实际情况是path本身这个命令还没有安装,需要安装一下(yum install path在centos8中可以执行)。

再次感谢您的帮助,祝您一切顺利。
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发表于 Post on 2021-3-18 16:10:40 | 只看该作者 Only view this author
highlight 发表于 2021-3-18 15:24
目前未曾遇到过系统语言或版本造成的无法解决问题,所以不做评价
patch 是一个常用的系统命令,“未找到 ...

如果终端使用全英文,

99%的时候, 仅仅需要把错误信息,
粘贴到google, 前五个搜索结果, 基本就解决了.

如果换用非英文界面, 粘贴输出结果,
估计翻5页, 都不一定能找到解决方案.

当前的系统版本上, yum/dnf通用.

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发表于 Post on 2021-3-18 16:15:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 abin 于 2021-3-18 16:17 编辑
Akaiconan 发表于 2021-3-18 15:52
十分感谢,首先表明问题已解决。其次是问题出现的原因是我受到了命令理解的影响。我以为的是path告诉我有 ...

“我以为XXX”,
这里, 你的理解没有错.

也有可能, 你的PATH设定错误,
当然会在path中找不到patch指令.

如果未曾设定过任何东西,
一般指的是, 没有安装过相应的app了.

因为Linux配置灵活,
你未曾提及的时候, 谁晓得你是否修改过/etc/profile之类,
很多人系统直接在/etc/profile作设定.

用在计算化学方面的linux技能很简单,
不需要额外学习.

至于你帖文中提到的错误,
只要简单的查看 error, fatal error, not found之类的,
然后google,
解决方案立即能找到.

至于, 都是同样的系统, A可以, B不可以.
这很简单的事情.
A和B在安装的时候, 选用的默认组件不同;
以及A和B在后续配置过程中, 操作不同.
并非讲, 一定要yum/dnf install patch才会安装这个东西.
也有可能在安装其他的组件的时候, 因为处理依赖关系, 而自动安装了patch都有可能.

祝好.
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发表于 Post on 2021-3-18 17:21:23 | 只看该作者 Only view this author
贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还特意强调了:http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

操作系统绝对不要选择用中文语言,否则后患无穷,这不会给初学者带来任何便利,只会给未来带来各种麻烦。趁机子还没装什么东西,建议重装。

你遇到这问题是装系统的时候该装的组件都没装,导致一些基本常用命令都没有。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 16:50:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-18 17:21
贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还特 ...

感谢版主的提醒,这个错误不会有第二次了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 16:51:33 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2021-3-18 16:15
“我以为XXX”,
这里, 你的理解没有错.

谢谢。
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