如果想观察小分子和酶活性“口袋”之间的动态行为模拟时是否要取消限位置制施？

YuniJ

如题所示，目前构建了4个体系，分别是：蛋白酶和小分子-A（小分子的位置在酶活性“口袋”附近，即根据对接软件预测出的位置，如图1所示）、蛋白酶和小分子-B（小分子位置在离活性口袋一段距离，如图2所示）、由peg修饰的蛋白酶和小分子的体系-C（peg游离的放在体系中）、由peg修饰的蛋白酶和小分子体系-D（peg共价修饰在蛋白酶的氮端【1-ASP】）。现在已完成前三个体系的模拟，其中蛋白酶和小分子-B体系分别进行了限制小分子位置和不限制小分子位置的50ns模拟，如果想要观察小分子能否进入活性”口袋“或者附近该怎么做？