计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8503|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 请教RDG散点图的spike点与AIM分析的键临界点rho值对应的问题

[复制链接 Copy URL]

23

帖子

0

威望

185

eV
积分
208

Level 3 能力者

请教大家:我对于RDG散点图的理解是spike点对应的rho值要与键临界点的一致。通过AIM分析计算出来的氢键的某个键临界点的Density of all electrons值为0.018,但是RDG分析的散点图即使选择了高质量格点进行计算,在-0.018附近位置也没有spike点,这两者是否矛盾?这是什么原因造成的呢,与我的体系大小是否有关系(我的体系原子数很多)?

图片1.png (143.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

图片1.png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112354

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-3-18 05:12:13 | 只看该作者 Only view this author
在出现临界点的地方用很密的格点绝对会出现spike

此文Q39明确说了,此语境下high quality grid定义了总的格点数,体系越大格点间距就越大、等效格点质量就越低
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
(2)格点间距或格点数。格点间距直接决定分析质量,而计算耗时正比于格点数。当盒子尺寸是确定的时候,显然格点间距越小则格点数越多,反之亦然。用户应当恰当设定格点间距或格点数达到分析结果质量和耗时的权衡。Multiwfn设定格点的界面里有low/medium/high quality grid选项,对于不同功能的定义是不同的,看屏幕上的具体提示,有时对应的是总格点数,有时对应的是格点间距。对于设置的是总格点数的时候,注意low/medium/high这三个词只是对于小体系而言的,如果是很大的体系,由于盒子大了,哪怕是medium quality grid格点数的格点间距也会很大,因此实际上得到的结果是很糙的,此时得用high quality grid或者用手动输入格点间距的模式手动输入格点间距。


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

23

帖子

0

威望

185

eV
积分
208

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-24 21:07:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-18 05:12
在出现临界点的地方用很密的格点绝对会出现spike

此文Q39明确说了,此语境下high quality grid定义了总 ...

谢谢老师解答,我还想问下,设置小的格点间距得到的点是否一定会包含大的格点间距的结果?感觉我用“Grid spacing in X,Y,Z is    0.265347    0.265347    0.265347 Bohr” 计算得到的一部分点没有出现“ Grid spacing in X,Y,Z is    0.24   0.24    0.24 Bohr”的结果中。

屏幕截图 2021-03-24 210408.jpg (92.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

屏幕截图 2021-03-24 210408.jpg

屏幕截图 2021-03-24 210512.jpg (88.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

屏幕截图 2021-03-24 210512.jpg

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112354

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-3-25 07:09:36 | 只看该作者 Only view this author
运气加持 发表于 2021-3-24 21:07
谢谢老师解答,我还想问下,设置小的格点间距得到的点是否一定会包含大的格点间距的结果?感觉我用“Grid ...

显然不是
只有二者呈倍数关系才能确保较小格点间距时也正好能占较大格点间距时的点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

23

帖子

0

威望

185

eV
积分
208

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 10:34:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-25 07:09
显然不是
只有二者呈倍数关系才能确保较小格点间距时也正好能占较大格点间距时的点

明白了,感谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 00:20 , Processed in 0.175859 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list