如何使用xtb计算自由能？

CYQ@

各位老师，我想请教一下：如何使用xtb计算自由能？我使用xtb的--ohess命令计算S22、L7、S30L等数据集里的分子，得到其[size=11.9552pt] the association free energies 的∆GmRRHO 贡献，与Grimme在“Effiffifficient Computation of Free Energy Contributions for Association Reactions of Large Molecules"这篇文章中用xtb的gfn2以及gfnff的方法计算的结果相差2-3kcal/mol,使用--ohess计算∆GmRRHO 贡献还需要设置什么其他特别的参数吗？

sobereva

原理上没有什么需要额外设的
把收敛精度设严，并且确保没虚频

CYQ@

sobereva 发表于 2021-3-10 04:37
原理上没有什么需要额外设的
把收敛精度设严，并且确保没虚频

好的，谢谢sob老师，我试试看

CYQ@

sobereva 发表于 2021-3-10 04:37
原理上没有什么需要额外设的
把收敛精度设严，并且确保没虚频

sob老师，我用xtb 1.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gbsa h2o --gfn 2 --ohess extreme计算，已经确保收敛精度的严格，用--ohess 命令已经确保不存在虚频，但是和Grimme文中算的结果还是差别很大。∆GmRRHO值我是用GAB-GA-GB的形式确定的，是不是还要设置其他一些参数？   
1.xyz坐标如下（L7数据集的1）
72
Generated by Multiwfn
C      -1.48753200     -1.23154300     -1.72900000
C      -0.06546800     -1.23154300     -1.72900000
C       0.64556400      0.00000000     -1.72900000
C      -0.06546800      1.23154300     -1.72900000
C      -1.48753200      1.23154300     -1.72900000
C      -2.19856400      0.00000000     -1.72900000
C       0.64229200     -2.45742000     -1.72900000
C      -0.09337800     -3.67082300     -1.72900000
C      -1.45962200     -3.67082300     -1.72900000
C      -2.19529200     -2.45742000     -1.72900000
C      -3.61408400      0.00000000     -1.72900000
C      -4.29708700     -1.24381000     -1.72900000
C      -3.61396500     -2.42701300     -1.72900000
C      -4.29708700      1.24381000     -1.72900000
C      -3.61396500      2.42701300     -1.72900000
C      -2.19529200      2.45742000     -1.72900000
C      -1.45962200      3.67082300     -1.72900000
C      -0.09337800      3.67082300     -1.72900000
C       0.64229200      2.45742000     -1.72900000
C       2.06096500      2.42701300     -1.72900000
C       2.74408700      1.24381000     -1.72900000
C       2.06108400      0.00000000     -1.72900000
C       2.74408700     -1.24381000     -1.72900000
C       2.06096500     -2.42701300     -1.72900000
H       0.44958000     -4.60741700     -1.72900000
H      -2.00258100     -4.60741700     -1.72900000
H      -4.15360000     -3.36552500     -1.72900000
H      -5.37968000     -1.24189200     -1.72900000
H      -5.37968000      1.24189200     -1.72900000
H      -4.15360000      3.36552500     -1.72900000
H      -2.00258100      4.60741700     -1.72900000
H       0.44958000      4.60741700     -1.72900000
H       2.60060000      3.36552500     -1.72900000
H       3.82668000      1.24189200     -1.72900000
H       3.82668000     -1.24189200     -1.72900000
H       2.60060000     -3.36552500     -1.72900000
C       0.06546800     -1.23154300      1.72900000
C       1.48753200     -1.23154300      1.72900000
C       2.19856400      0.00000000      1.72900000
C       1.48753200      1.23154300      1.72900000
C       0.06546800      1.23154300      1.72900000
C      -0.64556400      0.00000000      1.72900000
C       2.19529200     -2.45742000      1.72900000
C       1.45962200     -3.67082300      1.72900000
C       0.09337800     -3.67082300      1.72900000
C      -0.64229200     -2.45742000      1.72900000
C      -2.06108400      0.00000000      1.72900000
C      -2.74408700     -1.24381000      1.72900000
C      -2.06096500     -2.42701300      1.72900000
C      -2.74408700      1.24381000      1.72900000
C      -2.06096500      2.42701300      1.72900000
C      -0.64229200      2.45742000      1.72900000
C       0.09337800      3.67082300      1.72900000
C       1.45962200      3.67082300      1.72900000
C       2.19529200      2.45742000      1.72900000
C       3.61396500      2.42701300      1.72900000
C       4.29708700      1.24381000      1.72900000
C       3.61408400      0.00000000      1.72900000
C       4.29708700     -1.24381000      1.72900000
C       3.61396500     -2.42701300      1.72900000
H       2.00258100     -4.60741700      1.72900000
H      -0.44958000     -4.60741700      1.72900000
H      -2.60060000     -3.36552500      1.72900000
H      -3.82668000     -1.24189200      1.72900000
H      -3.82668000      1.24189200      1.72900000
H      -2.60060000      3.36552500      1.72900000
H      -0.44958000      4.60741700      1.72900000
H       2.00258100      4.60741700      1.72900000
H       4.15360000      3.36552500      1.72900000
H       5.37968000      1.24189200      1.72900000
H       5.37968000     -1.24189200      1.72900000
H       4.15360000     -3.36552500      1.72900000

sobereva

CYQ@ 发表于 2021-3-24 23:14
sob老师，我用xtb 1.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gbsa h2o --gfn 2 --ohess extreme计算，已经确保收敛精度的 ...

不好说。发邮件问作者吧，有些细节作者自己才知道