求助：gmx msd计算扩散系数选取区间

SpongeBob · 发表于 Post on 2021-3-27 10:32:19

在用gmx msd计算扩散系数时候，msd呈现曲线形状，请问用4ns以后的区间计算扩散系数是否合适？

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2021-3-27 11:52:09

貌似一般截取中间那一段

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-27 12:26:18

我有一个疑问，msd会变化的那种体系，曲线应该就是这种曲线才是合适的，直线反而不对。

比如升温或降温过程

bobosiji · 发表于 Post on 2021-3-28 11:54:06

牧生发表于 2021-3-27 12:26
我有一个疑问，msd会变化的那种体系，曲线应该就是这种曲线才是合适的，直线反而不对。

比如升温或降温 ...

"比如升温或降温过程" 如果温度变化，算扩散率有意义么？

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-28 16:23:00

bobosiji 发表于 2021-3-28 11:54
"比如升温或降温过程" 如果温度变化，算扩散率有意义么？

从曲线斜率，看变化过程。不知道可行不

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[GROMACS] 求助：gmx msd计算扩散系数选取区间