这个配置怎么样？请评判

ChaosChiao · 发表于 Post on 2014-10-20 09:40:09

本帖最后由 ChaosChiao 于 2014-10-20 09:44 编辑

做计算，主要用AMBER，高斯，另外少量用GROMACS，预算没有限制，大家觉得怎样配置才能把运算性能发挥的更好？

CPU服务器：
曙光I620-G15，
CPU：E5-2660v2*2
内存：8G*4
硬盘3.5寸 2T SATA

GPU：
I620-G15
CPU：E5-2640v2*2
GPU:Tesla K20*1
内存：8G*8
硬盘 2T SATA
有几个问题想请教：若CPU升级到v3版本是否有意义？内存32G对高斯是否够用？内存用哪个规格（1866/1600/1333/1066 ）？

sobereva · 发表于 Post on 2014-10-20 19:19:33

Tesla太亏，强烈不推荐。GTX780Ti是性价比最高的。还可以插两块。
另外GPU跑MD的机子用那么大内存也没意义，还不如给CPU机子。
内存频率不是什么问题，不是瓶颈。不同CPU支持的内存频率上限不同，看情况。
区分v2、v3意义不大，只看核数和频率就够了，同频同核的性能基本一致。v3核心是haswell，唯一优点是支持AVX2，不过目前的程序对其大多没怎么优化。
给高斯用多少合适看算什么，比如DFT消耗内存不大，而后HF则多多益善。如果确定要跑高斯，建议不小于64GB。

chrinide · 发表于 Post on 2014-10-20 22:27:39

本帖最后由 chrinide 于 2014-10-20 22:39 编辑

E5-2660v2 主频2.2G 睿频3G； E5-2660v3 主频2.6G 睿频3.3G，v3比v2贵500元左右，如果是土豪(都上2660了肯定打土豪错不了)的话直接v3吧，另外内存建议加到128G

sobereva · 发表于 Post on 2014-10-21 08:22:27

另外补充几点。
要注意高斯的并行效率并不理想，两个10核一起用nproc=20来跑效率会颇低，造成极大的浪费，除非同时可能跑多个任务。更好的选择是核心数少一些，但是频率尽量高一些。2660 v2就属于核数多而频率偏低了。2643是不错的选择（虽然价格定得有点高），其v2、v3在性能和价格上基本没区别。
而MD程序并行效率普遍较好，这个不是大问题。

v3多数支持的是DDR4，虽然频率上限提升了，多数开始支持2133，不过同频性能下DDR4反倒比DDR3稍逊一些。

v3服务器产品是今年9月才发布的，很多服务器厂商还没有广泛推出v3的产品，目前能选择的v3的型号比较有限。

ChaosChiao · 发表于 Post on 2014-10-21 09:09:01

非常感谢sob及chrinide的回复。
我已经准备把CPU服务器中的E5-2660换为高主频的E5-2643或者E5-2667了。
对于GPU，sob姐您推荐的GTX780ti，我看到AMBER官网上并不推荐，不知道是什么原因？难道这个卡只对于amber不适用？
官网信息如下：
"Hardware Version 3.0 / 3.5 (Kepler I / Kepler II)
Tesla K20/K20X/K40
Tesla K10
GTX-Titan / GTX-Titan-Black / GTX-Titan-Z
GTX770 / 780 (780Ti is NOT recommended)
GTX670 / 680 / 690
Quadro cards supporting SM3.0* or 3.5*"

sobereva · 发表于 Post on 2014-10-21 09:55:17

GPU的设计总在变，每一代架构以及不同核心特点各有不同，代码对其充分优化好才能达到最高效率。可能amber尚没充分对780Ti优化，不过运行起来我相信也没问题。具体可以到mailing list问问。gmx不会有这个问题。
你也可以买GTX 780GHz，只是把780的频率提高，核心没变，比780Ti性能只低一丝（实际上各个厂家的非公版780高频板也相当于这个了）。

ChaosChiao · 发表于 Post on 2014-10-21 21:04:36

sobereva 发表于 2014-10-21 09:55
GPU的设计总在变，每一代架构以及不同核心特点各有不同，代码对其充分优化好才能达到最高效率。可能amber尚 ...

sob姐，AMBER maillist的人是这么答复GTX780TI的“ I do NOT recommend the GTX780TI models since experience shows that they can be unreliable (the CAS memory refresh rate is too high).” 额。。不过我不太懂他的意思，难道选显卡跟这个 CAS memory refresh rate还有关？这个参数又是什么意思？

sobereva · 发表于 Post on 2014-10-21 21:18:40

说得有一定道理。CAS是显存/内存的关键性时序参数，直接关系到运行频率。GTX780Ti的显存频率定得比较高，1750Mhz，高于780的1502Mhz，可能是因为这个导致显存在吞吐数据时错误率相对高一些，但是平时玩游戏的时候对数据可靠性不敏感，不会暴露这个问题。

zhanfei · 发表于 Post on 2014-10-24 02:30:40

sobereva 发表于 2014-10-21 08:22
另外补充几点。
要注意高斯的并行效率并不理想，两个10核一起用nproc=20来跑效率会颇低，造成极大的浪费， ...

那么gaussian多少个核心之内，并行效率是比较好的呢。
单路高频E5+大内存64甚至128在预算低的时候是个好选择吗?我查了硬件资料库貌似E3全是32G内存控制器，E5除了LV的都是375G内存控制。
另外配成双路的主板以后加CPU时候，2路型号不一致对程序并行会友影响吗
thanks，sincerely

sobereva · 发表于 Post on 2014-10-24 09:42:08

zhanfei 发表于 2014-10-24 02:30
那么gaussian多少个核心之内，并行效率是比较好的呢。
单路高频E5+大内存64甚至128在预算低的时候是个好 ...

没有明确的坎，只能说核数越多越亏，而且亏得程度不断加大。建议<=16核为宜，把花在增加核数上的前增加到频率上更好（哪怕从“频率*核数”总值上看性价比更低）。
E3都是单路的，所以32GB限制也是情理之中。E5搭配64GB是目前最常规的组合，很合理，预算实在低砍到32GB也可以，但一定要根据实际应用要求来定。跑MD的机子即便用不着多少内存，也不应低于32GB。
两颗U的规格最好一致。

zhanfei · 发表于 Post on 2014-10-24 13:53:40

sobereva 发表于 2014-10-24 09:42
没有明确的坎，只能说核数越多越亏，而且亏得程度不断加大。建议

thanks sob

516518 · 发表于 Post on 2014-11-3 07:17:06

有用，学习

comchem · 发表于 Post on 2014-11-7 08:10:05

内存频率高对计算速度的提高还是很明显的，建议尽量选用cpu能支持的最高频率。

truemantwo · 发表于 Post on 2014-11-12 14:34:06

MD计算还是吃主频饭，可能的话把主频提上去吧。

psfan · 发表于 Post on 2014-11-25 09:10:44

针对v3优化的程序还没出现呢。能把v2用好就不错了。

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