福井函数预测团簇吸附位点时应该看f+还是f-

DUNING · 发表于 Post on 2020-9-30 10:05:40

本帖最后由 DUNING 于 2020-9-30 10:07 编辑

最近想建立一个模型，是CdSe团簇吸附在TiO2表面，这里我已经默认Cd原子连接在表面的O原子上（由于O原子暴露在表面），现在我想用fukui函数看一下哪些Cd原子最容易结合。按理说团簇中Cd原子原本是带正电的，那我应该看其亲电性f+，也就是得到电子的能力；但是我计算了一下单独的团簇和团簇连接在表面上的Hirshfeld电荷分布，发现Cd和Se原子上的电子都往表面转移了，Cd仍然是失去电子。那我这个时候应该看f+还是f-呢？或者还有没有什么更好的判断方法？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-30 18:53:05

当前团簇特征很简单，摆几个相对朝向分别优化，看最终谁能量最低就完了，用福井函数判断多此一举，而且也不准确

DUNING · 发表于 Post on 2020-9-30 22:14:21

sobereva 发表于 2020-9-30 18:53
当前团簇特征很简单，摆几个相对朝向分别优化，看最终谁能量最低就完了，用福井函数判断多此一举，而且也不 ...

谢谢sob老师我这里是放了一个比较对称的结构，还有一些团簇对称性比较低，因此不知道怎么放置去优化

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-9-30 22:17:08

DUNING 发表于 2020-9-30 22:14
谢谢sob老师我这里是放了一个比较对称的结构，还有一些团簇对称性比较低，因此不知道怎么放置去优化

fukui函数在PBC并不是很好定义，因为PBC原则上处理增减电荷也没有好的定义。

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-2 12:51:32

DUNING 发表于 2020-9-30 22:14
谢谢sob老师我这里是放了一个比较对称的结构，还有一些团簇对称性比较低，因此不知道怎么放置去优化

也是多考虑一些初始朝向就完了。
值得一提的是，用genmer可以对给定体系产生指定数目的随机朝向的结构，你可以用这个工具获得一批初始朝向随机的团簇结构，再自行分别放到TiO2上去
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

比起用福井函数，拿静电势说事对于这种问题往往还更靠谱一些。化学体系间倾向于以静电势互补方式结合，看比如
静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型
http://sobereva.com/209

DUNING · 发表于 Post on 2021-4-4 13:05:26

卡开发发发表于 2020-9-30 22:17
fukui函数在PBC并不是很好定义，因为PBC原则上处理增减电荷也没有好的定义。

老师你好 PBC全称是什么啊

paramecium86 · 发表于 Post on 2021-4-4 13:10:37

DUNING 发表于 2021-4-4 13:05
老师你好 PBC全称是什么啊

是 Periodic Boundary Conditions ，这在Gassian的官方manual有写。https://gaussian.com/pbc/

DUNING · 发表于 Post on 2021-4-4 13:16:30

paramecium86 发表于 2021-4-4 13:10
是 Periodic Boundary Conditions ，这在Gassian的官方manual有写。https://gaussian.com/pbc/

谢谢您

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