在PDB库找不到需要的氨基酸片段该怎么办

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2021-2-25 10:41:33

各位老师我想请问下我需要纤连蛋白的特定片段（269-292）或者整个完整的纤连蛋白。但是在PDB库上并没有所需的片段，一般这种情况改如何解决呢？

zsu007 · 发表于 Post on 2021-2-25 18:18:20

可以到NCBI或者uniprot、kegg等网站查找、比对。

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2021-2-26 18:40:17

如果实在没有，有序列的话可以去Swizzmodel上做同源建模

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2021-2-26 21:01:33

zsu007 发表于 2021-2-25 18:18
可以到NCBI或者uniprot、kegg等网站查找、比对。

谢谢您回复，但我不太清楚网上改如何导出PDB结构，NCBI和KEGG库会比RSCB更齐全么？我好好查一下啊。

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2021-2-26 21:11:54

DoubeeTwT 发表于 2021-2-26 18:40
如果实在没有，有序列的话可以去Swizzmodel上做同源建模

我用了swiss-model建模，输入编码后build model，可是他输出的只是片段，并不能给我一个完整的P02751,我该怎么处理呢？

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2021-4-23 08:18:53

一个小瓜皮发表于 2021-2-26 21:11
我用了swiss-model建模，输入编码后build model，可是他输出的只是片段，并不能给我一个完整的P02751,我 ...

你需要输入的是序列信息，先用p02751（我不知道是不是蛋白质的编号）去UniProt上或者NCBI里找到序列信息。
然后复制序列到Swissmodel里建模

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[蛋白质建模] 在PDB库找不到需要的氨基酸片段该怎么办