有关气液界面模拟

diaok · 发表于 Post on 2017-7-24 15:08:25

使用gaff力场能够描述氧气和水的界面吗？

查到的文献中模拟气体的扩散一般只放很少量的气体
已经模拟了纯氧的盒子，平衡密度1100kg/m3 数量级是对的
然而把盒子加满水后一个大气压下npt体积几乎没太大变化

设想中氧气在水中的溶解度比较低应该会有气泡形成
对于类似情形应该如何处理？

一般在模拟中都是用nvt来模拟界面的
我是应该换其他力场还是根据实际溶解度固定好体积？

wbn · 发表于 Post on 2017-7-24 22:47:41

1. 模拟一个足够大的立方体盒子，装满气体的饱和溶液，NPT+NVT平衡好
2. 在Z方向拉长盒子至少四倍，空间里装上气体分子，NVT平衡至少100 ns
注意PME 方法改成 EW3DC，而且拉长盒子时把slab放在中心

diaok · 发表于 Post on 2017-7-25 14:50:50

wbn 发表于 2017-7-24 22:47
1. 模拟一个足够大的立方体盒子，装满气体的饱和溶液，NPT+NVT平衡好
2. 在Z方向拉长盒子至少四倍，空间里 ...

首先感谢指点
人为制造出界面的这种操作以前也尝试过

这个 NVT平衡至少100 ns 是指最后系综必须选nvt？
npt得不到气液界面，是分子模拟本身实现控压方法的问题吗？
就是想不明白模拟里面为什么不会按照理论进行分相

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-7-25 19:32:52

本帖最后由 fhh2626 于 2017-7-25 19:36 编辑

不能模拟氧气与水的界面的，只能模拟真空和水的界面

因为你模拟的盒子中氧气分子太少，形不成气泡
另外气体在gaff里面也没有可靠的力场参数

wbn · 发表于 Post on 2017-7-25 22:46:13

diaok 发表于 2017-7-25 14:50
首先感谢指点
人为制造出界面的这种操作以前也尝试过

用NPT是有可能实现气液分相的。我尝试过一个hexane和离子液体混合的盒子，不断给他加温，最后盒子果然爆炸了。但是，首先，绝大多数力场对于气化温度和气体溶解度之类的模拟没可能那么精确，你模拟的溶解度比实际大上千倍，或者气化温度比实际大几百K都是可能的，不会像你想象的那样气体盒子加上水就会分相，氧气肯定是都溶解或者液化了。其次，如果想做界面模拟肯定是想要一个平整的界面，所以一般先把界面设置好，如果用NPT想让它自己分相，即使能分相得到的也是气体中一团一团的液体，你这样的体系想拿来研究什么呢？

vimalakirti_lee · 发表于 Post on 2021-4-13 23:51:37

wbn 发表于 2017-7-24 22:47
1. 模拟一个足够大的立方体盒子，装满气体的饱和溶液，NPT+NVT平衡好
2. 在Z方向拉长盒子至少四倍，空间里 ...

请问为什么要用EW3DC方法呢？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 有关气液界面模拟

评分 Rate

浏览过的版块