求助使用multiwfn绘制范德华势

IamHK · 发表于 Post on 2021-4-14 21:59:19

卢老师，您好，根据您的博文“谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制”，我学习绘制cof膜的范德华势，以碳原子为探针原子，膜结构如图1。

在VMD中发现膜表面的范德华势（蓝色部分）出现了两层，请问您这是什么原因造成的，如图2.

然后我导出了吸引子，图中只显示了负值吸引子，发现除了在膜的表面有较多的吸引子外，还有不少与膜自身的原子重合，请问您这个是什么原因造成的？我是不是只需要将膜表面的显示出来就可以？如图3

谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-15 07:15:25

必定有两层表面，因为这两层等值面中间的区域才是比你设的isovalue更负的区域

吸引子的圆球不要显示得那么大，显得太杂乱

重合的很异常，但我无法根据你现在提供的很有限的信息判断。不排除操作有误的可能。最好先把博文里的例子重复一遍确认操作无误
谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制
http://sobereva.com/551（http://bbs.keinsci.com/thread-17271-1-1.html）

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