如何使用pymol作出配体和残基有区别的图？

猴子好坏 · 发表于 Post on 2020-2-7 11:04:47

各位，我已经用球棍模型来显示氨基酸残基然后改变它们的半径，我使用的命令是：set stick_radius,0.3 可是这个命令是把所有的氨基酸残基都设为0.3，而我只是想把其中的几个的半径设为0.3，那么命令是什么呢？请各位指导下。通俗点讲，就是我想把8，24位的氨基酸残基的球棍模型的半径设为0.3，而不是把所有的都设为0.3，该怎么输入命令？谢谢大家，结果呈现如下。

猴子好坏 · 发表于 Post on 2020-2-7 11:07:00

另外一种方法达到这种区别效果可以把残基设置为线型，然后设置大小。我还是想知道pymol如何区别操作

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-7 12:10:31

诸如 set stick_radius, 0.3这样的指令有一个默认隐含参数是(all)，即对所有原子生效。用形如cmd.set("stick_radius",0.12,"你的选择指令")就能对任意对象应用了。

猴子好坏 · 发表于 Post on 2020-2-7 12:17:15

liyuanhe211 发表于 2020-2-7 12:10
诸如 set stick_radius, 0.3这样的指令有一个默认隐含参数是(all)，即对所有原子生效。用形如cmd.set("stic ...

不是很懂，比如我要单独设置残基8和24该输入什么指令呀？这是我输入的指令但是结果还是你说的默认对象还是全部。
1. select resi 8+24
2. show sticks, sele
3. set stick_radius, 0.3

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[综合交流] 如何使用pymol作出配体和残基有区别的图？