向大家请教关于namd控制文件里两个参数的问题

yl233 · 发表于 Post on 2021-4-13 10:30:11

本帖最后由 yl233 于 2021-4-13 13:40 编辑

1. 这里的rigidbonds就是使用的shake算法，约束的所有含氢原子的键吗？
2. 还有langevinyHydrogen这个参数，off/on的意义是什么？手册上说这个参数indicates whether or not Langevin dynamics will be applied to hydrogen atoms in the simulation
off的时候表示# don’t couple bath to hydrogens
实在不懂这个是什么意思，这个参数对约束含氢的键有什么影响吗？
3.另外namd可以用MMGBSA的方法计算蛋白和配体的结合自由能吗？好像没有找到相关教程

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-4-14 12:23:50

1. 对水分子是用的SETTLE
2. 建议你学习一下分子动力学的基础，了解Langevin dynamics
3. 可以

yl233 · 发表于 Post on 2021-4-15 10:17:52

fhh2626 发表于 2021-4-14 12:23
1. 对水分子是用的SETTLE
2. 建议你学习一下分子动力学的基础，了解Langevin dynamics
3. 可以

好的，谢谢谢谢

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