求助：如何使小分子不在相邻周期性box的水相之间跨越

byqyb

sob老师您好：
        我在模拟小分子跨膜，小分子显示放置在一侧的水相，box的z方向有12nm，膜在盒子的中心，我用plumed设置了小分子与膜质心距离的uwall/lwall分别为5.5nm/-5.5nm，以防止小分子跑出box。但是模拟过程中，小分子确实还是跑到了相邻盒子的水相里。

下面是我的参数设置：
      u-lwall.dat:
      Cpopc: COM ATOMS=1-34304
      Cdmp1: COM ATOMS=34375-34380
      d1: DISTANCE ATOMS=Cpopc,Cdmp1 COMPONENTS NOPBC

      UPPER_WALLS ARG=d1.z AT=5.5 KAPPA=150.0 LABEL=uwall
      LOWER_WALLS ARG=d1.z AT=-5.5 KAPPA=150.0 LABEL=uwall
      PRINT ARG=d1.z,uwall.bias,lwall.bias FILE=COLVAR.upper.5.5 STRIDE=1000
     链接里是我的md.mdp:
       step7_production.mdp (1.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

2021-4-13 11:52 上传 Uploaded

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        想请教一下老师，我应该怎样才能防止小分子跑出去？如果将水层再加厚的话是否有用？或者将box边缘0.5nm的水层冻住的话，能做到这一点吗？如果加freezegrps，是不是需要将mdp文件里的constraint设置删掉，这样会影响后续的模拟吗？

byqyb

没有问题了，将加小分子的一侧溶剂层加厚3nm，再加上uwall之后，小分子就没再跑出去了