pdb2gmx生成的gro文件中蛋白质键发生断裂

何庆 · 发表于 Post on 2022-1-6 16:59:16

用的是 Amber99SB-ILDN力场和TIP3P水，得到的protein.gro文件中蛋白质发生断裂
命令是 gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh

protein.gro (400.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

protein.pdb (444.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

panernie · 发表于 Post on 2022-1-7 11:51:24

显然不是断裂，全部都显示cpk类型进行查看。

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[GROMACS] pdb2gmx生成的gro文件中蛋白质键发生断裂