求助MD结果中，利用g_hbond计算出的分叉的氢键该如何解释？

HZW · 发表于 Post on 2021-4-22 10:27:27

请问一下我在利用Gromacs（力场：Amber-Parmbsc1）模拟G-quadruplex的过程中出现了分叉的氢键，这种分叉的氢键如何解释如下图所示：正常的一个G-quatet的四个guanine之间是形成8个氢键，而模拟过程中出现了如图所示分叉的氢键（爱心标记的部分）。

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-23 13:53:46

这也没什么必然的异常，那个N-H同时形成两个氢键可能在能量上更稳定
也可以考虑尝试其它力场，或者考虑加入图示中中间的M+离子

k64_cc · 发表于 Post on 2021-4-23 13:57:05

分叉氢键被报道过好多年了，没什么可解释的。

HZW · 发表于 Post on 2021-4-23 15:22:41

k64_cc 发表于 2021-4-23 13:57
分叉氢键被报道过好多年了，没什么可解释的。

我知道分叉氢键被报道了好几年了。关键要如何解释这个现象。

HZW · 发表于 Post on 2021-4-23 15:29:43

sobereva 发表于 2021-4-23 13:53
这也没什么必然的异常，那个N-H同时形成两个氢键可能在能量上更稳定
也可以考虑尝试其它力场，或者考虑加 ...

卢老师，我在文章里边对于分叉的氢键不用过多的去解释，审稿人应该不会去深究吧。可以直接这样解释吗：由于没有M+离子的稳定，四个O6原子的强烈排斥导致氢键的断裂以及O6原子较容易形成分叉氢键。

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-23 16:12:43

HZW 发表于 2021-4-23 15:29
卢老师，我在文章里边对于分叉的氢键不用过多的去解释，审稿人应该不会去深究吧。可以直接这样解释吗：由 ...

跟排斥没什么关系
从基本化学直觉上就能看出来，形成俩分叉可能令总氢键作用更强，自然这是自发的

HZW · 发表于 Post on 2021-4-23 16:52:48

sobereva 发表于 2021-4-23 16:12
跟排斥没什么关系
从基本化学直觉上就能看出来，形成俩分叉可能令总氢键作用更强，自然这是自发的

好的谢谢卢老师

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[GROMACS] 求助MD结果中，利用g_hbond计算出的分叉的氢键该如何解释？