求助：xtb的gfnff方法的电荷分布是如何设置的？

CYQ@ · 发表于 Post on 2021-5-7 23:41:13

各位老师，我想问一下：xtb的gfnff方法使用的是不是极化力场？如果是极化力场，那么其电荷分布应该是可以自动响应环境而发生变化的。但是我用xtb的gfnff方法测试后发现：其输出文件中显示的电荷分布似乎是没有发生改变的。1.在复合体(AB.pdb)中的电荷分布(AB.out)与我将单体提出计算的电荷分布(A.out/B.out)是一致的，但是复合体中的蛋白的每个相同的残基，它的电荷分布又似乎是不一致了；2.其次我将一个PDB结构(1v2n.pdb)做了md,然后取跑了2纳秒后的结构以及5纳秒后末态结构分别进行测试，发现它们的电荷分布(2.out/5.out)是一致的；这表明xtb的gfnff方法计算电荷分布不是极化的吗？但是复合体中蛋白的相同残基电荷分布又似乎不一致。

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喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-5-8 00:24:56

明显是可极化力场，并且基本上计算时间的一大半都是在算电荷

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-8 01:28:14

想弄懂原理问题首先应该看原文，GFN-FF原文的SI里面有方法的详细交代

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